Растительность северной части большого о. Панайтан (12 тыс. га) представлена мангровыми зарослями и баррингтонией (Barringtonia). На сухих участках — светлые парковые леса или саванны с деревьями Ardisia и высокими травами императы, дикого сахарного тростника, редко стоящими один от другого деревьями мясистоголова (Sarco-cephalus sp.). На более влажных участках — осоковые луга. Остальная территория острова покрыта высокоствольным лесом с листопадными деревьями: понгомия, гуиторда, спондия и стеркулия, которая вырастает до огромных размеров с чрезвычайно высокими подпорками.
На самом полуострове Уджунг-Кулон большое разнообразие ландшафтов: леса, саванны, луговые пространства и болота.
На Уджунг-Кулоне — последние остатки первобытных яванских низинных лесов. На юго-западе они начинаются сразу же от скалистых берегов. В подлеске много пальм. Чем дальше от берега, тем выше деревья. Над прочей растительностью господствуют огромные деревья Planchonia valida. На южном побережье — заросли панданусов местами до 20 м высотой.
На перешейке — болотистые долины, множество небольших речек и ручейков. Вдоль берега встречаются мангровые леса. На открытых луговых участках господствуют многолетники — императа.
По северному берегу и на уступах, поднимающихся над широкими песчаными пляжами или каменистыми береговыми обрывами, — казауринии. На южных берегах — заросли панданусов.
Остальная территория резервата занята двух-трехъярусными лесами. Господствуют гигантские фикусы и терминалии. Второй ярус обычно составляют различные виды пальм (корифа, аренга). В подлеске — бамбуки, гигантские папоротники. Все это перевито лианами. Много эпифитов; они — как пышные корзины, расставленные на развилках деревьев. В этих лесах почти нет лесной подстилки: листья, ветви, стволы и другой опад мгновенно уничтожаются термитами, так что почва остается голой. В центральной части гряды холмов лес изрежен, много колючих кустарников. Есть и участки своеобразных саванн, где среди травянистых равнин разбросаны пальмы корифа или парковое травянистое редколесье с лагеротремией.
Вообще флора потрясающе богата. В пределах резервата известно около 4 тыс. видов деревьев, кустарников и лиан.
Главный объект охраны в резервате Уджунг-Кулон — яванский носорог (Rhinoceros sondaicus). Некогда он был широко распространен в Юго-Восточной Азии и на островах Ява и Суматра. На материке он исчез, видимо, в начале нашего столетия. На о. Суматра последние носороги были убиты в 20-х годах. По непроверенным данным, в резервате Гунунглесер, в северной Суматре, в 1971 г. было обнаружено 20–25 носорогов. Это пока не получило подтверждения. На Яве, кроме Уджунг-Кулона, он также истреблен к началу 30-х годов. Преследование носорога определялось исключительно высокой ценой его рога, крови и других частей тела, которым приписывались лечебные свойства. Цена на рог достигала еще в 30-х годах 5 тыс. долларов.