Род Столыпиных имел герб, высочайше утверждённый и внесённый в Х часть «Общего Гербовника»: в щите, имеющем в верхней половине красное поле, а в нижней голубое, изображён одноглавый серебряный орёл, в правой лапе держащий свившегося змея, в левой — серебряную подкову с золотым крестом. Щит держат два единорога. Под щитом девиз: Deo spes mea («Уповаю на Бога»).
Мать Петра Аркадиевича — Наталья Горчакова была представительницей ещё более древнего рода, ведущего родословную от Рюрика. От её брака с Аркадием Дмитриевичем Столыпиным появился на свет 2 апреля 1862 года маленький Пётр. Это произошло в подмосковной усадьбе Середниково, здесь же Пётр Столыпин был крещён и провёл детство. (Ныне в середниковской усадьбе, что неподалёку от Крюково, — санаторий, рядом действующий храм во имя святителя Алексия.)
Пётр получил великолепное образование в европейском духе: знал три европейских языка, владел ораторским искусством, любил театр и музыку (на одном из представлений его и настигла много лет спустя пуля террориста). От европейского стиля мышления он перенял либерализм политических взглядов. От русской же почвы, от семейных традиций в плоть и кровь Петра Аркадиевича вошли идея служения Отечеству и престолу, истинная церковность.
Несомненное влияние на юношу оказали родство с М. Ю. Лермонтовым, дружба отца с Л. Н. Толстым, а в зрелые годы и личная переписка Петра Аркадиевича с великим писателем.
Образование довершила Виленская гимназия и физико-математический факультет Санкт-Петербургского университета, который Столыпин закончил в 1884 году с отличием. Высокую оценку знаниям студента дал один из профессоров университета — Д. И. Менделеев.
По окончании учёбы Пётр Аркадиевич женился на Ольге Борисовне Нейдгарт, девушке из семьи, имевшей немалые связи при дворе. Любовь к жене Столыпин носил в сердце все отпущенные ему годы и не осквернил это чувство ничем. «…Поддержкой, помощью моей будешь ты, моя обожаемая, моя вечно дорогая. Все сокровища любви, которые ты отдала мне, сохранили меня до 44-х лет верующим в добро и людей. Ты чистая моя, ты мой Ангел Хранитель», — признавался он Ольге Борисовне в одном из писем 1906 года[59]. От их брака родились на свет пять дочерей и сын.
Из всех возможностей, открывающихся перед молодым человеком из знатной фамилии, Столыпин выбрал раз и навсегда государственную службу. После непродолжительной службы в министерстве внутренних дел и ведомстве земледелия и государственных имуществ он вместе с семьей переехал в родовое имение Колноберже близ станции Кейданы в Ковенской губернии, пожалованное его отцу из числа конфискованных польских имений. Здесь Пётр Аркадиевич занял должность уездного предводителя дворянства (в западных областях эту должность занимали по назначению).