Узнав об этом, Столыпин был поражён, ведь во все эти смутные годы Пётр Аркадиевич ревниво оберегал монаршую честь от любых посягательств и подозрений. В 1909 году состоялся его личный разговор с государем, смущённым вмешательством премьера в его личную жизнь. Николай II пообещал, что встреч с Распутиным больше не будет.
Однако вскоре Столыпину сообщили, что Распутин не только не уехал, но, напротив, зачастил ко двору и, видимо, пользовался особым расположением государыни. Рискуя очень многим, Столыпин на свой страх и риск выдал агентам охранки разрешение на арест и высылку Распутина из столицы с условием ареста за пределами Царского Села. Первые старания агентов ни к чему не привели, но вскоре Распутин, не дожидаясь дальнейшего развития событий, исчез и через некоторое время объявился в Сибири, в родном селе.
А в 1911 году, после возвращения «старца» в Петербург, состоялась личная встреча премьера с Распутиным, на которой последний пытался гипнотизировать Петра Аркадиевича, но безрезультатно. После этой встречи Распутин был выслан в родное село, но вскоре объявился в Киеве, привезённый туда Вырубовой.
Борьба с политическими интригами и самоотверженное отстаивание авторитета августейшей фамилии от грязных посягательств всякого рода авантюристов дорого стоили Петру Аркадиевичу. По утверждению сотрудника «Нового времени» А. А. Пиленко, Столыпин говорил в 1910 году одному иностранному послу: «Мой авторитет подорван; меня подержат, сколько будет надобно, для того чтобы использовать мои силы, а затем меня выбросят за борт» (Московский еженедельник, 1910, 20 мар.). Столыпин, «честный часовой», оказался помехой и здесь, не пожелав, достигнув заветной цели, уйти со своего поста. Обстановка в стране стабилизировалась, на смену крестьянину-бунтарю шёл столыпинский «крепкий мужичок», атакующий дворянские поместья не наскоком, а экономической осадой, и с гораздо большим успехом. Столыпинские ревизионные комиссии против высокопоставленных воров и мздоимцев, думские расследования грозили окончательно закрыть для очень и очень многих сановников доступ к кормушке власти. Через его голову левые и правые протягивали друг другу руки, и уже никто не мог поручиться, с какой стороны будет нанесён роковой удар.
Сильнейшее сопротивление Государственного совета Столыпин встретил весной 1911 года при обсуждении законопроекта о введении земства в западных губерниях. Столыпинский вариант закона, обеспечивающий перевес на выборах русских кандидатов над поляками (которые составляли 2–3 % населения этих губерний), легко прошёл в Думе, но был отвергнут Государственным советом. Результаты голосования в Государственном совете страшно поразили Столыпина, придававшего огромное значение этому закону, который, по его замыслу, должен был служить прообразом новых государственных и межнациональных отношений, русских по духу и многонациональных по форме. Впервые Пётр Аркадиевич не смог сдержать чувств, тотчас уехал и подал прошение об отставке.