Общим делом митрополита и архимандрита, а можно сказать – и общей тайной – стал новый скит, устроенный близ лавры. Владыка опасался молвы и не раз повторял отцу Антонию: «О ските чем меньше говорить, тем лучше. Если Бог благословит дело, оно скажет себя само». Филарет на вопросы любопытствующих отвечал, что обеспокоен сбережением древней достопамятной церкви, и в ней, может быть, отец наместник заведёт непрерывное чтение Псалтири. Сам отец наместник отвечал ещё неопределённей.
Тем не менее в апреле 1851 года, отвечая на доносы, дошедшие до обер-прокурорского стола, Филарет направил графу Протасову письмо с поддержкой ходатайства о закреплении за скитом земли, пожертвованной женою коммерции советника, московской первой гильдии купца Лепёшкина, Анной Васильевной Лепёшкиной. Выставляя на первый план заботу о сохранении древности (что соответствовало духу и букве императорского указа о поддержании древних отечественных памятников), владыка писал: «С достоинством и уединённым положением сего места сообразным представилось поселение при храме небольшого числа желающих из братии Лавры для более уединённой жизни… Число желающих жить при сей церкви в образе скита с течением времени возрастало. Соответственно сему построено потребное число келий и ограда. Здешнему братству даны общежительные правила. Богослужение соображено с образцами более древними; введено столповое пение, чтение из святых отец на утрени, вечернее правило с поклонами и неусыпающее чтение Псалтири. Братия довольствуется всем потребным от обители; поручных денег не получают; вино и пиво в сей обители не употребляются; в одежде наблюдается простота; женский пол в ограду ея не допускается, кроме одного дня храмового праздника для совершения богослужения».
Ходатайство имело полный успех. Высочайшим повелением за скитом была закреплена пожертвованная земля, а обитель признана отделением лавры.
Филарет смог искусно обойти наименование скита, ибо Гефсимания – по высоте смысла могло вызвать усмешку, неудовольствие и запрет. Когда же блаженнейший патриарх иерусалимский Кирилл прислал в обитель часть мощей святого великомученика Пантелеймона и в грамоте своей именовал обитель «Новою Гефсиманиею», владыка и отец Антоний осмелились и сами громко употреблять её название.
Радость двух духовных братьев была велика. То было их детище, в котором оба надеялись закончить свои дни. Освящая скитский храм, Филарет произнёс одно из своих глубоких и проникновенных слов:
– Не можем обещать себе полнаго постижения тайны Гефсиманского события, но в какие особенные помышления должен вводить нас образ Гефсиманского многострадальнаго моления Христова?