Филарет готовился к монашеству созерцательно-аскетическому, а поставлен был на путь церковно-общественный… Это бы ладно, всё принял с покорностию, но со смертью отца Евграфа пришло одиночество, казалось – на всю отмеренную Господом жизнь. Да, есть родители, брат и сёстры, рядом и вдали добрые приятели, благорасположенное начальство, но что с того? В мире служебном перед Филаретом открывалась ледяная пустыня. Зависть, интриганство, тайные козни, лицемерие – как далеко всё это от открытости троицкой жизни. Хватит ли сил на то, чтобы устоять, не изменить себе и заветам, заповеданным святыми отцами? Он не знал. Уповать следовало на волю Божию, надеяться на себя одного. Он скорее догадывался, чем сознавал, какой путь служения ему предстоит.
На бумаге всего не передашь, да и письма на почте просматривают, а как хотелось ему излить душу владыке Платону и получить совет, вразумление, услышать хотя бы одну из митрополичьих историй…
В письме Грише Пономарёву, ставшему приходским священником, Филарет писал: «…К здешней жизни я не довольно привык и вряд ли когда привыкну более. Вообрази себе место, где более языков, нежели душ; где надежда по большей части в передних, а опасение повсюду; где множество покорных слуг, а быть доброжелателем считается неучтивым; где роскошь слишком много требует, а природа почти во всём отказывает: ты согласишься, что в такой стихии свободно дышать могут только те, которыя в ней или для неё родились. Впрочем, есть люди, которых расположением я сердечно утешаюсь…»
Филарет сильно переменился. В феврале 1810 года в духовную академию пришёл суховатый, крайне сдержанный в проявлении чувств, хотя и вполне доброжелательный ко всем, педантически аккуратный и поразительно работоспособный пожилой человек. Никто не знал, как старательно он сдерживал невольные проявления своей пылкой и горячей натуры, о которой позволяли догадываться лишь блеск глаз и сквозившая в движениях энергия.
В служебной перемене обнаружились весьма приятные стороны. По званию бакалавра философии ему выделили отдельную комнату; положили жалованье в шестьсот пятьдесят рублей, что по тем временам было немало (заседатели палат уголовного и гражданского суда получали по триста шестьдесят рублей в год, помощники столоначальника в губернских учреждениях – по сто рублей). Наконец-то он смог не обременять семью, но, напротив, помогать родным.
В открывающейся духовной академии незаметно образовались две партии. Во главе первой стоял влиятельнейший рязанский архиепископ Феофилакт, правой рукой которого стал Леонид Зарецкий, во главе второй неожиданно для себя самого оказался новый ректор архимандрит Сергий Крылов-Платонов. Решительный архиепископ ничуть не стеснялся очередного троицкого выходца. Устав академии был написан им, программа обучения составлена им же. Не менее двух раз в неделю он посещал лекции, нередко вызывал к себе преподавателей с отчётом, входил во все мелочи академической жизни. Устранить такое двоевластие архимандрит Сергий не имел ни твёрдости духа, ни возможностей.