Для организации активного противодействия подрывной деятельности спецслужб фашистской Германии на советско-германском фронте 10 ноября 1941 года в составе 2-го отдела НКВД СССР было образовано прифронтовое отделение. Это позволило лучше скоординировать зафронтовую работу с Четвертыми отделами, организованными в августе 1941 года в ряде республиканских и областных НКВД — УНКВД для руководства оперативной и боевой деятельностью партизанских отрядов и разведывательно-диверсионных групп в тылу врага.
В октябре — ноябре 1941 года, когда тяжелое положение сложилось непосредственно под Москвой в результате широкого наступления немцев, которые сосредоточили здесь более 50 дивизий, включая 13 танковых, а ресурсы защитников были на исходе, крайне важно было перекрыть наступающим подходы к столице. В «Очерках истории российской внешней разведки» об этом периоде рассказывается:
«На выполнение заградительных работ был брошен сводный отряд ОМСБОНа — боевого спецназа 2-го отдела НКВД СССР. Бойцы отряда минировали шоссейные и грунтовые дороги в районах Можайска, Волоколамска, Каширы, на Ленинградском шоссе в районе Химок и канала Москва — Волга, по реке Сетунь и близ Переделкино, западнее Чертаново на Киевском шоссе, на Пятницком, Рогачевском, Дмитровском шоссе. С 23 октября по 2 ноября 1941 года они установили более 11 тысяч противотанковых и 7 тысяч противопехотных мин, более 160 мощных фугасов, подготовили к взрывам 19 мостов и 2 трубопровода.
Сводный отряд ОМСБОН участвовал в параде на Красной площади 7 ноября 1941 года, после чего двинулся к фронту. В период с 27 ноября по 27 декабря 1941 года, в разгар боев под Москвой, бойцы отряда сумели уничтожить 30 немецких танков, 20 бронемашин, 68 грузовых машин, нанести противнику большие потери в живой силе и технике».
Вторым основным направлением работы 2-го отдела НКВД СССР в тот период являлась подготовка подпольных окружных комитетов в населенных пунктах Московской области на случай оккупации. Из этих населенных пунктов срочно эвакуировались предприятия и правительственные учреждения.
Одновременно нарком НКВД СССР приказал организовать разведывательную сеть в Москве на случай захвата ее немцами. В соответствии с этим приказом ряд офицеров госбезопасности был переведен на нелегальное положение для руководства сетью агентов-диверсантов и разведчиков в случае оккупации столицы. Подготовка шла в условиях глубокой секретности. Оперативные работники получили документы с вымышленными биографическими данными, поселились на конспиративных квартирах, где находились запасы оружия, взрывчатки, продуктов.