Петр Зубов оказался в тюрьме, где его сразу начали с пристрастием допрашивать. Разведчик полностью отрицал свою вину, объясняя, что задание вождя он выполнил, однако не стал передавать «деньги рабочих и крестьян» шайке авантюристов.
Сразу после начала Великой Отечественной войны по инициативе Судоплатова Зубов был освобожден и назначен начальником германского отделения Особой группы, преобразованной в феврале 1942 года в 4-е управление НКВД СССР.
В годы войны Зубов руководил подготовкой и заброской в тыл врага специальных разведывательных групп. Разведчику довелось также участвовать и в других оперативных мероприятиях, в том числе в операциях «Монастырь» и «Березино».
В 1946 году Петр Яковлевич вышел в отставку по состоянию здоровья. Однако в январе 1948 года о нем вновь вспомнили и направили вместе с Судоплатовым в Прагу.
Накануне отъезда Молотов вызвал Судоплатова в свой кремлевский кабинет. О том, как развивались события дальше, рассказал сам Павел Анатольевич: «Молотов приказал ехать в Прагу и, организовав тайную встречу с Бенешем, предложить ему с достоинством покинуть свой пост, передав власть Готвальду, лидеру компартии Чехословакии».
Для подкрепления этой просьбы Бенешу необходимо было напомнить о его тесных официальных связях с Кремлем и о помощи Кремля в переезде его людей в Великобританию.
«В противном случае, — писал Судоплатов, — мне предписывалось сказать ему, что мы найдем способ организовать утечку слухов об обстоятельствах его бегства из страны, о тайном соглашении о сотрудничестве чешской и советской разведок, подписанном в 1935 году в Москве, секретном договоре о передаче нам Карпатской Украины и об участии самого Бенеша в подготовке политического переворота в Югославии в 1938 году и покушения на премьер-министра этой страны.
Молотов подчеркнул, что я не уполномочен вести какие-либо переговоры по вопросам чешской политики: моя задача заключалась лишь в том, чтобы передать наши условия, предоставив Бенешу право решать, как он их выполнит. Молотов повторил свои инструкции очень четко, пристально глядя на меня сквозь пенсне. Я ответил, что считаю такое деликатное задание более подходящим для человека, лично знающего Бенеша и непосредственно с ним связанного по прежней работе. Таким человеком был Зубов, наш резидент в Праге в предвоенные годы, которого Сталин и Молотов в свое время посадили в тюрьму за то, что он в 1938 году сообщил о несостоятельности плана Бенеша опереться на сомнительных людей в Белграде и, более того — денег им не дал. Молотов на это сказал, чтобы я лично выполнил поручение с привлечением нужных людей, а как — это уже на мое усмотрение. Было ясно, что он не хотел брать на себя ответственность за то, какими методами я буду действовать: его интересовал только результат. Я должен был покинуть Прагу через двенадцать часов после разговора с Бенешем, не дожидаясь ответа.