15 июля Г. М. Маленков и Н. Н. Шаталин выступили на закрытом собрании партийного актива руководящего состава МВД с объяснением причин ареста Л. П. Берии и исключения его из партии. Шаталин, в частности, говорил, что для усыпления бдительности Л. П. Берии ЦК КПСС сознательно пошел на обман, принимая заведомо ложные решения и отдавая соответствующие неправильные распоряжения, так как «совсем не просто было спланировать и провести арест такого злодея».
По словам генерала Судоплатова, эти объяснения для них, профессионалов, звучали наивно и по-детски беспомощно. Далее Судоплатов продолжал: «Эйтингон, Райхман[22] и я, сидевшие рядом, обменялись многозначительными взглядами. Мы сразу поняли, что никакого бериевского заговора не существует, был антибериевский заговор в руководстве страны.
Сразу после Шаталина слово взял заместитель министра по кадрам Обручников и назвал Райхмана, Эйтингона и меня лицами, не заслуживающими доверия. Он вовсе не был нашим врагом — он выполнял то, что ему приказали. Обручников обрушился на меня за то, что я окружил себя одиозными и подозрительными личностями вроде Эйтингона, Серебрянского и Василевского, ранее арестовывавшимися и отстраненными от работы в разведке. Все мои попытки ответить на эти обвинения пресекались председательствовавшим Серовым».
Вскоре 9-й отдел МВД СССР был расформирован. Судоплатов продолжал аккуратно появляться на работе, но никаких существенных дел ему не поручали.
А находившийся в тюрьме Берия активно направлял письма на имя Маленкова и Молотова, в которых подчеркивал, что всегда выполнял все задания партии и правительства, и в числе своих заслуг называл кадры, которые он воспитал. Так, в письме на имя Маленкова Берия писал: «Взять хотя бы руководящих работников МВД товарищей Круглова, Кобулова, Серова, Масленникова, Федотова, Стаханова, Питовранова, Короткова, Сазыкина, Горлинского, Гоглидзе, Рясного, Судоплатова, Савченко, Райхмана, Обручникова, Мешика, Зырянова и многих других. Кроме помощи им в работе, требований, чтобы лучше организовать борьбу с врагами Советского государства как внутри страны, так и вне ее, у меня ничего не было. Товарищи работали, как положено настоящим партийцам…»
5 августа 1953 года Павел Анатольевич был вызван в Кремль, где ответил на вопросы руководителей страны по поводу заданий, которые он получал от Берии. В бывшем кабинете Сталина за столом заседаний президиума ЦК сидели Хрущев, Молотов, Маленков, Булганин, Микоян и Ворошилов. Маленков потребовал, чтобы Судоплатов «объяснил свое участие в тайных попытках Берии в первый месяц войны установить контакт с Гитлером, чтобы начать мирные переговоры на основе территориальных уступок».