10 февраля 1992 года Судоплатов был реабилитирован Главной военной прокуратурой Российской Федерации. Полностью.
В справке о реабилитации, выданной 12 февраля 1992 года за № 3—40039—55 помощником Главного военного прокурора полковником юстиции Н. Л. Анисимовым, сообщается:
«Выдана бывшему генерал-лейтенанту НКВД — МВД СССР Судоплатову Павлу Анатольевичу, 1907 года рождения, осужденному 12 сентября 1958 года Военной коллегией Верховного Суда СССР по обвинению в совершении преступления, предусмотренного ст. ст. 17—58-1 “б” УК РСФСР, к 15 годам лишения свободы (арестован 21 августа 1953 года), в том, что он в соответствии с п. “а” ст. 3 Закона Российской Федерации “О реабилитации жертв политических репрессий” от 18 октября 1991 года реабилитирован».
После развала Советского Союза Павел Судоплатов отложил все дела и взялся за написание своих мемуаров. Книга «Разведка и Кремль. Записки нежелательного свидетеля» увидела свет в 1994 году и сразу же была переведена на многие языки мира.
Вторая книга воспоминаний, «Спецоперации. Лубянка и Кремль. 1930–1950 годы», была опубликована в 1998 году.
Скончался Павел Анатольевич Судоплатов 24 сентября 1996 года в шесть часов утра на девяностом году жизни.
27 сентября родственники, близкие, товарищи по оружию и коллеги, знакомые и незнакомые люди пришли в госпиталь ФСБ в Пехотном переулке, чтобы проститься с Павлом Анатольевичем. Была племянница Малли. Присутствовали разведчики Рогатнев, Герои Российской Федерации Колесников и Барковский, а также дети Серебрянского, Эйтингона, Малли и Воскресенской. В первом почетном карауле стояли бывший начальник внешней разведки Советского Союза (1989–1991) генерал-лейтенант Шебаршин и ветераны госбезопасности.
В ритуальном зале состоялось последнее прощание. Выступили Герой Российской Федерации Юрий Колесников, генерал-спецназовец и Герой Советского Союза Надежда Троян. Прозвучали залпы военного салюта.
К сороковому дню урны с прахом Павла Анатольевича и Эммы Карловны Судоплатовых были преданы земле Донского монастыря. Над ними встало черное мраморное надгробие с датами рождения и смерти.
А в октябре 1998 года Указом Президента Российской Федерации семье генерал-лейтенанта Судоплатова были возвращены изъятые у него при аресте государственные награды.
Именем Павла Анатольевича Судоплатова названы улицы в городах Смоленск и Гагарин.
На памятнике генерал-лейтенанту Судоплатову, установленном в Смоленске, начертано:
«Верному сыну Отечества, гражданину и патриоту, легендарному советскому разведчику.
Организатору партизанской войны и разведывательно-диверсионной работы в тылу немецко-фашистских войск.