Именно в период работы проверочной комиссии на партийном собрании 5-го отдела ГУГБ НКВД СССР, как с сентября 1938 года стало именоваться подразделение внешней разведки органов государственной безопасности, неожиданно выступил сотрудник отдела Гукасов, сослуживец Судоплатова еще по Харькову. Он предложил партийному бюро отдела обратить внимание на связи Судоплатова с разоблаченными «врагами народа». По так называемому «делу Судоплатова» была создана комиссия партбюро, результаты работы которой должны были быть рассмотрены на его очередном заседании.
Историки отечественных спецслужб К. Дегтярев и А. Колпакиди обнаружили в архивах любопытный документ — Протокол № 15 заседания партийного бюро 5-го отдела ГУГБ НКВД СССР, которое состоялось 23 ноября 1938 года и на котором слушалось персональное дело П. А. Судоплатова.
Итак, как следовало из протокола, секретарь партбюро Анатолий Леоненко зачитал обвинения, предъявленные Судоплатову.
Путаные ответы при заполнении анкетных данных: в частности, Судоплатов якобы не упомянул в анкете, что находился в плену у казаков генерала Шкуро (на самом деле двенадцатилетний Павел был схвачен казаками и на следующий день бежал от них). Более серьезные по тем временам обвинения касались личных связей Судоплатова и его жены с разоблаченными «врагами народа». Интересно, что в этот список попали совершенно разные люди, начиная от высокопоставленных сотрудников органов госбезопасности и заканчивая разведчиками-нелегалами. В первую очередь это относилось к Всеволоду Балицкому — бывшему руководителю украинских чекистов, который при назначении заместителем председателя ОГПУ и переезде в Москву предложил Судоплатову работу в центральном аппарате органов госбезопасности. Балицкий был арестован и расстрелян в 1937 году.
Коллега Судоплатова Раиса Соболь, по рекомендации которой он перешел на работу в Иностранный отдел, была арестована в 1938 году по подозрению в шпионаже и осуждена на восемь лет. К тому же она была близкой подругой жены Павла Анатольевича. В сентябре 1941 года освобождена из тюрьмы с прекращением дела. До мая 1945 года служила в органах государственной безопасности, затем уволилась в запас. Капитан государственной безопасности.
Валерий Горожанин являлся сослуживцем Судоплатова по работе в ГПУ Украины. Правда, трудились они в разных отделах: Горожанин возглавлял секретно-политический отдел ГПУ УССР. С 1930 года он находился на руководящих должностях в центральном аппарате ОГПУ, а с 1933 года — во внешней разведке. В августе 1937 года арестован по делу «о заговоре в НКВД УССР», а в августе 1938-го — расстрелян. Полностью реабилитирован в 1957 году.