Здесь необходимо отметить, что еще в середине 1930-х годов ИНО получил право самостоятельно проводить следствие по политическим делам в отношении своих сотрудников. Другими словами, в роли следователей и обвиняемых могли выступать сотрудники одного подразделения. А это означало, что в дальнейшем судьбу Судоплатова могли вершить, в частности, те, кто выступал на заседании партийного бюро и голосовал за исключение его из партии.
2 декабря 1938 года Судоплатов был освобожден от временно занимаемой им должности руководителя внешней разведки и понижен до помощника начальника отделения. Начальником внешней разведки был назначен руководитель проверочной комиссии ЦК Владимир Деканозов. А Судоплатов каждый день приходил на работу и сидел за столом у себя в кабинете, но ничего не делал. Новые сотрудники не решались общаться с ним, боясь скомпрометировать себя. «Помню, — рассказывал Судоплатов, — начальник моего отделения Гаранин, беседуя со своим заместителем в моем присутствии, переходил на шепот, опасаясь, что я могу подслушать. Чтобы чем-нибудь заняться, я решил пополнить свои знания и стал изучать дела из архива, ожидая решения своей участи».
И тут произошло неожиданное. Назначенное на январь 1939 года партийное собрание, которое должно было утвердить исключение Судоплатова из партийных рядов, отложили на неопределенное время. В декабре 1938 года Ежова отстранили от обязанностей наркома внутренних дел, а вскоре арестовали. Руководителем НКВД стал Берия.
Забегая вперед отметим, что в июле 1939 года заседание бюро парткома НКВД СССР, рассмотрев дело о партийных нарушениях П. А. Судоплатова, не утвердило решение об исключении его из рядов ВКП(б). За «притупление политической бдительности» Судоплатову был объявлен выговор с занесением в личную карточку. 18 января 1941 года на своем заседании бюро парткома НКВД СССР утвердило решение первичной партийной организации № 5 от 27 декабря 1940 года о снятии с П. А. Судоплатова партийного взыскания — «выговора с занесением в учетную карточку, объявленного в июле 1939 года».
В один из мартовских дней 1939 года Судоплатов был вызван к наркому НКВД Л. П. Берии. Предоставим слово самому Павлу Анатольевичу: «Неожиданно для себя я услышал упрек, что последние два месяца я бездельничаю. “Я выполняю приказ, полученный от начальника отделения”, — сказал я. Берия не посчитал нужным как-либо прокомментировать мои слова и приказал сопровождать его на важную, по его словам, встречу. Я полагал, что речь идет о встрече с одним из агентов, которого он лично курировал, на конспиративной квартире. В сентябре 1938 года я дважды сопровождал его на подобные мероприятия. Между тем машина доставила нас в Кремль, куда мы въехали через Спасские ворота. Шофер остановил машину в тупике возле Ивановской площади. Тут я внезапно осознал, что меня примет Сталин. Вход в здание Кремля, где работал Сталин, был мне знаком по прошлым встречам с ним».