Поэтому не стоит удивляться, что именно Судоплатову Сталин поручил руководить самой важной для него операцией — ликвидацией Льва Троцкого.
В феврале 1941 года последовала очередная реорганизация органов государственной безопасности нашей страны. 3 февраля 1941 года Судоплатов был назначен заместителем начальника Первого (разведывательного) управления НКГБ СССР — внешней разведки.
Непосредственно накануне Великой Отечественной войны со всей остротой дала о себе знать нехватка профессиональных кадров как в разведке, так и в общей системе государственной безопасности. С позиций своей новой должности Судоплатов поставил перед руководством НКГБ СССР вопрос о пересмотре дел некоторых осужденных сотрудников внешней разведки НКВД — НКГБ СССР, ссылаясь на неизбежность войны с Германией и настоятельную необходимость их немедленного включения в борьбу против предстоящего врага. Благодаря настойчивости Судоплатова, которого поддержал Фитин, этот вопрос начал решаться положительно. Так, на работу в органы государственной безопасности вернулись: ожидавший расстрела Яков Серебрянский, ранее уволенные Наум Белкин, Георгий Мордвинов, Вильям Фишер, Рудольф Абель, находившийся в Лефортовской тюрьме НКГБ Петр Зубов и приговоренный к длительному сроку тюремного заключения Иван Каминский. В период Великой Отечественной войны они блестяще проявили себя, руководя подготовкой и заброской в тыл противника специальных разведывательно-диверсионных групп.
Среди вышедших на свободу чекистов была и бывшая сотрудница Судоплатова Раиса Соболь, осужденная в 1938 году на восемь лет по подозрению в шпионаже по показаниям своего мужа М. Е. Ревзина, с которым она прожила 13 лет. Соболь была опытной разведчицей, владела несколькими иностранными языками, в том числе немецким. Ручаясь за нее, Судоплатов, разумеется, даже не подозревал, что через четверть века эта талантливая женщина сыграет важную роль в его судьбе.