Крушение князя тут же отозвалось на положении владыки Филарета. 8 июня митрополит Петербургский Серафим сообщил на заседании Святейшего Синода о запрете Александром I распространения отпечатанного на русском языке Пятикнижия (первых пяти книг Библии). Несколько тысяч экземпляров книги были сожжены на кирпичном заводе Александро-Невской Лавры (202, с. 41, 117). Позднее было запрещено и само Библейское общество, Четвероевангелие на русском языке изъято из книжных лавок, запрещен филаретовский Катехизис (названный архимандритом Фотием «канавною водою»), а некоторые его проповеди признаны «неправославными». Противники в полной мере использовали методы запретительные, хотя сам святитель предпочитал бороться с мистическими уклонениями пастырским словом, основанным на знании и проникнутым духом любви.
Потрясение владыки Филарета оказалось велико. В проповеди, произнесенной 12 июня 1824 года в Волоколамске, он позволил себе высказаться: «… какой бы ты ни предпринял благочестивый подвиг, в какой бы ни начал упражняться добродетели, не изменяй принятому однажды благому намерению; и хотя бы предстояли тебе препятствия, хотя бы казалось тебе, что успех не соответствует ожиданию твоему, не отчаивайся, не малодушествуй; и напротив того, хотя бы показалось тебе, что ты довольно успел в добром деле и подвиге, не обленяйся, не будь беспечен… в трудности подвига уповай на Господа и паки терпи о Господе» (179, т. 2, с. 168).
Для него столь резкий поворот императора был тем более неожиданным, что всего год назад, в июле 1823 года, он был допущен к сокровенным делам царской семьи. По распоряжению императора архиепископу Филарету было поручено составление в глубокой тайне манифеста о переходе прав на российский престол от цесаревича Константина Павловича (женившегося на польке Иоанне Грудзинской) к великому князю Николаю Павловичу. В Каменноостровском дворце владыка представил свой проект Александру I и предложил помимо основного текста составить три заверенные копии этого важнейшего государственного акта для хранения в Государственном Совете, Сенате и Святейшем Синоде. Основной текст, подписанный императором, 29 августа владыка Филарет сам положил в ковчег с государственными актами в алтаре Успенского собора Московского Кремля.
Прямо и открыто защищая Библейское дело, он недоумевал перед лукавством и слабостью царя. Не менее огорчительным виделось и поведение митрополита Серафима. Печальная ирония ощутима в письме владыки Филарета от 8 декабря 1824 года к митрополиту: «Если сомнительно православие Катехизиса, столь торжественно утвержденного Святейшим Синодом, то не сомнительно ли будет православие самого Святейшего Синода?» (цит. по: 202, с. 86). Спустя несколько лет снимут запрет на филаретовский Катехизис, который более чем на столетие станет общедоступной системой православного богословия, но дело Русской Библии остановится на сорок лет.