Не унывай!
Когда для ревности усердной
Тебе назначен малый круг,
И в рубежах его стесненный
Кипит порывами твой дух —
Себя в делах благих явить,
Их блеском мир сей озарить:
Смиреньем ревность укрощай,
Но никогда не унывай!
И укрепившись благочестьем
В твоей страдальческой борьбе,
Не мни паденьем и бесчестьем
Последовать своей судьбе:
Но тщися в малом верен быть,
Себя для долга позабыть,
Его с любовью исполняй
И в подвигах не унывай!
Очевидным показателем того, что таланты молодого Ивана Борисова были замечены, стало (по окончании в 1823 году Киевской Академии со степенью магистра) его оставление для преподавательской деятельности. В том же году его направляют в Санкт-Петербург инспектором духовной семинарии. 10 декабря 1823 года там он принимает монашество с именем Иннокентия и в сане иеромонаха становится в 1824 году бакалавром богословия в Духовной Академии. В 1826 году его возводят в сан архимандрита и назначают на должность профессора богословских наук Духовной Академии. Широкую известность архимандрит Иннокентий получает в 1828-1830-х годах, когда в журнале «Христианское чтение» публикуется его исследование «Последние дни земной жизни Господа нашего Иисуса Христа». За это и другие сочинения в 1829 году он получил ученую степень доктора богословия.
В годы его инспекторства в академии возникла особая тяга к науке, жажда знаний. Ее выпускники вспоминали: «Пусть обучавшиеся в то время в академии припомнят те горячие и оживленные споры о философских, богословских и прочих предметах, которые тогда происходили у студентов и между собою в комнатах, и с наставниками в классах. От запальчивости, от горячности антагонистов истина тут не всегда всплывала наружу, но самая эта запальчивость и горячность доказывали, что она слишком интересовала споривших. Далее, сколько было студентов, которые, не зная немецкого языка, выучивались ему в год, полгода и даже меньший срок с тем только, чтобы поскорее читать книги немецкие… Канта, Шеллинга, Бретшнейдера, Розенмюллера…» (цит. по: 191, с. 239).
Яркий талант молодого профессора Духовной Академии был отмечен не только церковным начальством. Проповеди архимандрита Иннокентия в Казанском соборе и в Александро-Невской Лавре стали собирать множество молящихся, а после их публикации в академическом журнале «Христианское чтение» резко вырос тираж журнала. В день Воздвижения Креста Господня проповедник сказал в своем слове: «В мире, братие, весьма много бед и скорбей, потому что еще более грехов и страстей; но страдания, происходящие от наших грехов, не составляют сами по себе креста христианского. Честолюбивый мучится ненасытимым желанием отличий и преимуществ; завистливый снедается скорбию о благе ближнего; сластолюбца терзает невозможность удовлетворять своим нечистым вожделениям; все сии и им подобные люди страдают и нередко более тех, кои страдают правды ради: между тем кто не признает их страданий произвольными мучениями греха, заслуживающими не уважение, а укоризну?» (63, с. 40). В то же время в адрес пламенного проповедника раздавались критические замечания, его упрекали как за сугубо философское обоснование догматических положений христианской веры, так и за недостаток аналитичности. Строгие ревнители благочестия даже подозревали архимандрита Иннокентия в «неологизме», и было проведено негласное дознание относительно его образа мыслей (что неудивительно в царствование строгого императора Николая I).