В те годы Иннокентия заподозрили в богословском «неправомыслии», или «вольномыслии», из-за его близких отношений с протоиереем Герасимом Павским, самостоятельно и без позволения начальства начавшего переводить Ветхий Завет с еврейского на русский язык. По исследовании этого дела митрополитом Московским Филаретом (Дроздовым) выяснилось, что недоразумение произошло из-за неверной записи лекции одним из студентов Духовной Академии (66, с. 496).
В то же время, по мнению протоиерея Георгия Флоровского, «мыслителем он не был. Это был ум острый и восприимчивый, но не творческий. Исследователем Иннокентий никогда не был. Он умел завлекательно поставить вопрос, вскрыть вопросительность в неожиданной точке, захватить внимание своего читателя или слушателя, с большим увлечением и блеском пересказать ему чужие ответы… И в этом “краснословии” разгадка его влияния и успеха – и на профессорской кафедре, и на проповедническом амвоне» (191, с. 197). Слушатели проповедника и профессора видели строгую и важную богословскую истину в таком блестящем одеянии, какого ранее и представить не могли, его проповеди и лекции не столько учили, сколько увлекали мастерскими картинами, живым чувством, ярким словом. Увлечение слушателей было всеобщим. В киевский период его жизни по всей России стали известны его проповеди: к 1843 году семью изданиями в Москве, Киеве и Харькове вышли собрания его проповедей «Светлая седмица» и «Страстная седмица». Признанием общественностью его авторитета стало избрание в 1836 году действительным членом Российской академии, а также почетным членом новоучрежденного Киевского университета. Преосвященный Иннокентий был дружен со многими деятелями русской культуры: историком М. П. Погодиным, философом А. С. Хомяковым, литераторами М. А. Максимовичем и Н. В. Щербиной; переписывался с Н. В. Гоголем и благословил его поездку к Святым местам.
Примечательны слова владыки Иннокентия в письме к М. П. Погодину с благодарностью И. В. Гоголю за присылку «Выбранных мест из переписки с друзьями»: «…Скажите, что я благодарен за дружескую память, помню и уважаю его, а люблю по-прежнему, радуюсь перемене с ним, только прошу его не парадировать набожностию: она любит внутреннюю клеть. Впрочем, это не то чтоб он молчал. Голос его нужен, для молодежи особенно, но если он будет неумерен, то поднимут на смех, и пользы не будет» (цит. по: 37, с. 85). Здесь и теплота поддержки, и мягкое внушение осторожности при совершении благого дела.
Люди привязывались к святителю Иннокентию и в силу его необычайной доброты, приветливости. То была натура в высшей степени поэтическая. Романтический характер святителя виден в эпизоде из воспоминаний современника: «Сидели в Парголовке под Киевом. Стало смеркаться. Иннокентий вдруг спросил меня: “Ты любишь смотреть, как огонь горит?” – “Люблю”.– “Я и сам люблю. Прикажи же принести дров и развести огонь вот здесь, близ воды… и как можно больше. Мы будем смотреть, как все это будет гореть, и слушать пение соловьев”» (цит. по: 59, с. 172).