Вокруг архимандрита Иннокентия сплотились его единомышленники и друзья, разделявшие его стремление поднять уровень образования священнослужителей до постижения важнейших вопросов современной науки. А его интересовало все – от нумизматики, минералогии и ботаники до сельского хозяйства, астрономии и военного дела. Священник И. М. Скворцов, профессор Духовной Академии, писал другу-ректору: «Философия во всей ее силе нужна в академии. Это потребность века, и без нее учитель Церкви не будет иметь важности пред своими учениками» (цит. по: 158, т. 1, с. 443). В своей деятельности архимандрит Иннокентий, добрый по характеру, в необходимых случаях проявлял твердость. Например, в письме к обер-прокурору Святейшего Синода С. Д. Нечаеву он резко осудил практику частого перевода преподавателей, что крайне вредно отражалось на обучении (158, т. 1, с. 593). Ему принадлежит почин издания «Деяний Вселенских и Поместных Соборов», подготовки описания монастырских библиотек и собирания там рукописей.
В Киеве, как и на невских берегах, слушатели академии пленялись лекциями ректора. Один из студентов вспоминал позднее о своем учителе: «Это был человек в собственном смысле гениальный: высокий, светлый, проницательный ум, богатое, неистощимое воображение, живая и обширнейшая память, легкая и быстрая сообразительность, тонкий, правильный вкус, дар творчества, изобретательности и оригинальности, совершеннейший дар слова – все это в чудной гармонии совмещено было в нем» (цит. по: 59, с. 228).
В отношениях со студентами Иннокентий был по-отечески добр и заботлив. Правда, по своей горячности и вспыльчивости был гневлив, мог и резко «пожурить» проштрафившегося студента, но только и гневу было не более чем на один час. Призовет к себе дежурного: «Что такой-то студент, скорбит?» – «Печален». – «Ну, возьми эту книгу, отдай ему и скажи, чтоб был покоен, что между нами забыто все» (66, с. 499).
В киевском Михайловском монастыре архимандрит Иннокентий произнес однажды проповедь о семи архангелах, вождях и начальниках ликов ангельских, особо отметив четвертого архангела, Уриила, архангела света и познаний: «Итак, это ваш архангел, люди, посвятившие себя наукам! Как отрадно должно быть для вас знать, что нощные бдения и труды ваши над собранием познаний освещаются не одним стихийным мерцанием от лампады, а и светом от пламенника архангела… Удивительно ли приходить внезапным озарениям свыше, когда есть особый архангел света и познаний?» (цит. по: 59, с. 171). Изящная простота речи и вдохновенное воодушевление проповедника приводили людей в восторг.