Выходят в свет подготовленные им труды богословские – «Записки на Книгу Бытия», апологетические – «Разговоры между испытующим и уверенным о православии Восточной Греко-Российской Церкви» и исторические – «Начертания Церковно-Библейской истории». Автора обвиняли в сильном влиянии на его «Начертание истории» церковно-исторического сочинения лютеранского богослова Буддея, но сам он и не скрывал этого. Заслугой Филарета стало, однако, не просто введение в учебный курс полезного сочинения, но творческое переосмысление идей западного автора. Труды западноевропейских богословов становились для святителя Филарета побудительным толчком для развития собственных идей на основе святоотеческой мысли, на основе наследия святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого.
В 1823 году выходит составленный Филаретом Катехизис, изложение основ православной веры, в работе над которым автор использовал не только давно известные в России Катехизисы митрополита Петра (Могилы) и митрополита Платона (Левшина), но и опыт католического катехизиса, изданного по указанию католического епископа Монпелье Шарля-Иоахима Кольбера.
Обращение к европейским авторам в этом и иных случаях было вызвано тем обстоятельством, что в Новое время, в условиях вестернизированной культуры ответ на духовные запросы русского дворянского общества уже не мог быть дан только по святым отцам «Добротолюбия». Обращение к западному опыту началось в петровскую эпоху с Духовного регламента архиепископа Феофана Прокоповича и трудов митрополита Стефана Яворского, испытавших влияние один – протестантизма, другой – католицизма. Но и ранее влияние западного схоластического богословия испытал митрополит Петр (Могила), а позднее и святитель Тихон Задонский использовал в своих трудах сочинение лютеранского пастора Иоганна Арндта «Об истинном христианстве». Однако в России западный ответ не просто предлагался верующим, а поверялся и очищался опытом православной церковности, сохранявшей конфессиональную и национальную самобытность. Христианская система ценностей оставалась основой и для формирующейся русской культуры.
Заслугой святителя Филарета в развитии «школьного богословия» стала разработка новой, глубоко продуманной системы богословских дисциплин, основанной на истории: «История первее системы. Откровение дано в живой истории…». Он первый стал поощрять самостоятельное творчество преподавателей духовных учебных заведений, предлагая им не довольствоваться повторением учебника. Правда, его требовательность к составляемым преподавателями «запискам» подчас вызывала у тех недовольство.