Казалось, что молодому монаху предстоит обычный путь ученого инока под покровительством митрополита Платона. Но Провидение решило иначе. В декабре 1808 года Комиссия духовных училищ, созданная М. М. Сперанским с целью преобразования всей системы духовного образования в России, вызывает из разных епархий молодых выпускников семинарий для служения в столице империи. 29 декабря иеродиакон Филарет выезжает в Санкт-Петербург, несмотря на предложение митрополита Платона похлопотать об оставлении своего любимца в родных стенах Свято-Троицкой Лавры. Он подчиняется воле начальства, но также, видимо, сознает, что открываются более широкие возможности для проявления его талантов и раскрытия способностей.
2
Стремительность его продвижения по ступеням «карьерного роста» поразила современников: 1809 год – рукоположение в сан иеромонаха и назначение ректором духовного училища, 1810 год – назначение бакалавром в Духовную Академию,
1811 год – возведен в сан архимандрита и пожалован наперсным крестом с драгоценными камнями «за отличие в проповедовании Слова Божия»,
1812 год – назначен ректором Духовной Академии и настоятелем Новгородского Юрьева монастыря,
1813 год – награжден орденом святого князя Владимира 2-й степени «за неусыпные труды по званию ректора и профессора богословских наук в Санкт-Петербургской Духовной Академии», 1814 год – удостоен высочайшего рескрипта и звания доктора православного богословия, 1816 год – пожалован панагией «за ревностное служение по части образования духовного юношества» и определен настоятелем московского Новоспасского монастыря с оставлением при Духовной Академии… За несколько лет никому не известный провинциальный монах стал одним из видных и авторитетных церковных деятелей. Основанием для его взлета стали не только очевидные таланты, но и неустанный, самозабвенный труд. В те годы, сложные для молодого провинциального инока, в непривычной и чуждой ему петербургской столичной атмосфере формировался характер будущего святителя, девизом которого могли бы стать слова «вера и стойкость».
В создаваемой Духовной Академии Филарету было поручено чтение курсов, по которым не имелось учебных пособий. Ему пришлось составлять их на основе сочинений западных авторов и трудов православных отцов Церкви. Он сознавал необходимость использования западной богословской мысли и в своем «Обозрении богословских наук» рекомендовал по каждой части богословия католические и протестантские сочинения. А в то время в русском дворянском обществе получили еще большее распространение идеи масонства, мистического «внутреннего христианства», доходившие до отрицания всего строя церковной жизни. Все это требовало осмысления, поисков путей выхода из духовной смуты и выработки для ожидающих верных слов верующих мирян православного понимания – в условиях Нового времени – самой Церкви Христовой и ее учения.