Решающий разрыв с СДПГ, партией его отца, произошел в 1932 году. Социал-демократы в связи с выборами рейхспрезидента отказались от участия своего претендента в пользу престарелого героя Первой мировой войны фельдмаршала Гинденбурга, чтобы предотвратить победу Гитлера — кандидата от НСДАП. Фукс в 1950 году объяснял это так: «Моим аргументом было то, что мы не сможем остановить Гитлера, сотрудничая с другими буржуазными партиями, а только путем единства рабочего класса. В этот момент я решил отвергнуть официальную политику моей партии и предложил себя в качестве оратора коммунистическому кандидату во время выборов рейхспрезидента».
СДПГ исключила из партии недисциплинированного бунтаря. Через несколько дней Фукс пришел в кильское бюро КПГ и написал заявление на прием в партию, как, кстати, поступили в том же году все его братья и сестры. Они последовали зову своей совести. Если бы их отец сам не был бы старым социал-демократом, он мог бы гордиться своими детьми.
Быть коммунистом скоро оказалось в Германии опасным для жизни делом. В уважаемом Университете Кристиана Альбрехта в Киле студенты-нацисты устроили забастовку против ректора, верного идеям Веймарской Республики. Группы боевиков СА угрожали безопасности студенческого городка. Слухи о политических убийствах быстро распространялись среди напуганных левых студентов. Фукс отважно сопротивлялся торжествующим коричневорубашечникам, был сильно избит и брошен в реку.
Это было предупреждением для «красных лис». Семейный совет в связи с избиениями Клауса Фукса принял решение больше не говорить о политике. В «государстве фюрера» знания о партийной активности членов семьи могли стать для них опасными. Это важный момент в жизни Клауса Фукса — молчание и конспирация стали добродетелями, спасающими жизнь.
27 февраля 1933 года в Берлине вспыхнуло здание Рейхстага. Для нацистов пришло время кровавых расправ с их противниками. «После поджога Рейхстага мне пришлось уйти в подполье», — описывал Фукс начало жестоких чисток. «Мне повезло, что на следующее утро после пожара я рано покинул дом, чтобы на поезде приехать на встречу коммунистических студентов в Берлине. Это единственная причина, почему я избежал ареста. Я точно помню, как я открыл в поезде газету, и мне сразу стало ясно значение случившегося. Я знал, что теперь начнется борьба в подполье. Я снял с куртки значок коммунистической партии — «серп и молот», и засунул ее в карман. «Там ему пришлось лежать еще долго, ведь до того времени, когда Фукс снова признается открыто в своей приверженности коммунизму, пройдет еще 17 лет.