Работа Пайерльса стала сердцем «Tube Alloys». Возможно, этот ученый, возведенный королевой после войны в рыцарское достоинство, когда-либо думал, что ему следовало бы лучше взять другого специалиста для решения сложных математических расчетов ядерного распада. Клаус Фукс внезапно, не зная ранее ничего о работе своего нового шефа, очутился в центре самого секретного проекта британских военных усилий. Пришел час соблазна.
Строго следуя инструкциям, Пайерльс запросил военное министерство, нет ли с точки зрения безопасности каких-либо возражений против нового коллеги. У МИ 5, британской контрразведки, было две бумаги о Фуксе, показывавших, что он — активный коммунист. Одна была датирована 1934 годом и передана немецким консулом в Лондоне британским властям. Такие документы англичане воспринимали не слишком серьезно, ведь нацистские власти вплоть до самой войны всех своих противников за рубежом называли большевистскими могильщиками западной культуры. Но второй документ исходил из надежного источника внутри немецкой общины эмигрантов и тоже доказывал, что Фукс — коммунист.
Собственно, этого было достаточно для служб безопасности для вето: Советский Союз тогда был союзником гитлеровской Германии, и послушная Москве британская коммунистическая партия, агитировавшая за быстрое перемирие с Берлином, находилась под строгим наблюдением. Но МИ 5 выразила лишь осторожные замечания. Контрразведка предложила давать Фуксу только те сведения, которые важны для его работы, и скрывать от него окончательную цель проекта. Пайерльс иронично ответил, что это практически неосуществимо, и МИ 5 отказалась от своих возражений.
Через несколько недель претензии служб безопасности по отношению к коммунистам и без того отошли в прошлое. С началом «Операции Барбаросса»— нападения немцев на СССР, Запад боролся вместе со Сталиным против гитлеровского Вермахта. Ограничения против коммунистов в Англии были отменены, коммунистические газеты снова смогли выходить. Политические убеждения Клауса Фукса уже не рассматривались как опасные. Все остальные обычные проверки впоследствии он прошел без проблем.
Наслало немецкой «войны на уничтожение» на Востоке освободило Фукса от всех сомнений по отношению к политике Сталина. Разве немецкая агрессия не подтвердила, что Сталин, оккупируя восточную Польшу, провидчески делал это в целях укрепления безопасности своей страны? Осенью 1941 года немецкие войска, преодолев тысячу километров за несколько недель, приблизились к Москве. Немецкая «Еженедельная кинохроника», забегая вперед, с восторгом сообщила о победе на Востоке. СССР сражался в самом отчаянном положении, и Клаус Фукс с возмущением заметил, что западные страны, за исключением единичных бомбовых налетов на территорию Рейха, ничего не предпринимают, чтобы помочь своему новому союзнику.