Храм Василия Блаженного уже в XVI веке начали использовать не только для церковных служб. В его крепких и глубоких подвалах московские купцы-богатеи, опасаясь столь частых в древней Москве пожаров, стали хранить свою казну - деньги, драгоценности, дорогие товары. В 1595 году московские тати (грабители) замыслили даже поджечь ближние строения на посаде, чтобы во всеобщей суматохе ограбить подвалы «Василия Блаженного». Но злодейский умысел был своевременно раскрыт, и татей казнили.
Веселый, радостный храм Василия Блаженного очень скоро после постройки стал свидетелем массовых кровавых казней. В 1570 году Иван Грозный заподозрил, быть может не без оснований, Новгород, крупнейший и богатейший город Древней Руси, в стремлении отделиться от Московского государства, возродить свою былую самостоятельность, когда купеческая республика «господин Великий Новгород» сама на своем вече решала, кого позвать к себе в князья, а кому отказать в этой чести.
Грозный царь пошел на Новгород военным походом, разорил его и привез в Москву в цепях знатнейших и влиятельнейших новгородцев. При огромном стечении согнанного опричниками народа он казнил их на рыночной площади, близ Лобного места. Прекрасный силуэт «Василия Блаженного» озарился пламенем пыточных костров. Великий торг огласился стонами и предсмертными воплями новгородцев.
Здесь же Иван Грозный терзал и казнил знатных московских бояр, в которых он видел главное препятствие к упрочению своей самодержавной власти, к созданию полностью централизованного государства. Немец-авантюрист Генрих Штаден, служивший у Ивана Грозного в опричниках, в своих воспоминаниях писал: «На этой площади умерщвляли господ из земщины. Тогда вся площадь была занята опричными стрельцами. Трупы оставались обнаженными на площади и днем и ночью - народу в назидание».
Указ Ивана III, запрещавший возводить какие-либо постройки ближе 109 сажен от Кремля, к тому времени был уже позабыт, и родственники казненных бояр стали строить на Великом торге маленькие деревянные церковки и часовенки в память о погибших. Эти церковки так и звались в народе - «на крови».
В 1589 году, в царствование сына Грозного - Федора Ивановича, глава русской православной церкви московский митрополит, ранее формально подчинявшийся константинопольскому патриарху, сам получил этот высший церковный сан. Новопоставленный патриарх Иов в роскошном облачении показался народу на Лобном месте.
В мае 1591 года площадь несколько дней жила тревожными слухами о таинственной смерти в городе Угличе младшего брата царя Федора - малолетнего царевича Дмитрия, погибшего при очень туманных обстоятельствах, наводивших на мысль о преднамеренном убийстве. Московская молва обвиняла в этой смерти царского шурина Бориса Годунова, якобы мечтавшего стать царем после бездетного Федора. В Углич для расследования была послана специальная комиссия во главе с князем Василием Шуйским. Народу с Лобного места было объявлено, что царевич сам закололся ножом в припадке падучей болезни.