Боярский выбор в конце концов остановился на Петре. Чтобы придать этому характер законности, патриарх и бояре вышли к народу на площадь и просили его согласия. Народ, не зная ни Ивана, ни Петра, не возражал. Молчание было принято за согласие. Царем стал Петр, а правительницей - его мать Наталья Нарышкина. Итак, решение было принято. Но некоторая «шатость», как говорили тогда в Москве, все же осталась: смущали многих и малолетство нового царя, и существование рядом с ним его старшего брата. Семена будущих раздоров были посеяны.
Обойденные Милославские, и среди них энергичная и властолюбивая 25-летняя царевна Софья, попытались перерешить дело. Своим орудием они избрали стрелецкие полки.
Стрелецкое войско было впервые создано при Иване Грозном. Прежде Русь не знала постоянного войска, за исключением одной только великокняжеской дружины - своего рода отряда телохранителей. В случае войны собиралось общенародное ополчение, в котором дворяне становились офицерами, а общее командование поручалось наиболее родовитым боярам.
Стрелецкие полки еще не стали регулярными воинскими частями, скорее это было своеобразное военное сословие. Стрелецкая служба была пожизненной, увольнялись стрельцы лишь в случае тяжкого увечья или при полной старческой дряхлости. Сыновья стрельцов, достигнув юношеского возраста, сразу записывались в стрельцы. Московские стрельцы получали жалованье от 4 до 7 рублей в год. В дополнение к жалованью им разрешалось беспошлинно заниматься ремеслами и мелкой торговлей. Жили они со своими семьями в специально отведенных для них кварталах - слободах. Память об этих слободах доселе сохраняется в названиях Зубовской площади, где некогда размещался полк под командованием «головы» (полковника) Зубова, Садовой-Сухаревской улицы, где жили стрельцы полка Лаврентия Сухарева.
С конца XVII века среди московских стрельцов распространилось острое недовольство, и они неоднократно подавали челобитные, жалуясь на своих полковников. Но челобитные не принесли никакого успеха, и все больше стрельцов стало склоняться к мнению о необходимости решительных действий.
Милославские использовали такое взрывоопасное положение, чтобы подтолкнуть стрельцов к открытому выступлению. В одной из летописей сообщается, что сторонник Милославских стольник Петр Толстой, дальний предок великого писателя, «борзо» скакал по полкам и кричал: «Нарышкины царевича Иоанна убили!»
15 мая 1682 года, всего через две недели после воцарения Петра, стрельцы врываются в Кремль, убивают нескольких Нарышкиных и их сторонников. Три дня стрельцы и примкнувший к ним «черный люд», пришедший на Красную площадь «с ослопьем и дрекольем», чинили расправу над боярами, не разбирая уже ни Нарышкиных, ни Милославских, убивая всех, кто возбудил против себя народный гнев. В эти дни, как пишет один из современников, «Красная площадь упиталась кровью многих бояр, и думных, и ближних, и иных чинов людей».