Гарнизон второго по величине острова Хийумаа составляли 6 береговых батарей, 36-я кавдивизия без двух кавполков и один стрелковый полк из состава 16-й сд. После начала войны из трех строительных батальонов и местного призывного контингента на острове был развернут еще один стрелковый полк. На аэродроме Кярдла размещались истребительный и бомбардировочный полки флотской авиации. Командовал гарнизоном острова командир кавдивизии генерал-майор Е. С. Зыбин. Один из кавполков 36-й дивизии был дислоцирован отдельными подразделениями на малых островах архипелага: Осмуссааре, Вормси, Муху, Рухну и других.
На полуострове Ханко, арендованном у Финляндии после Зимней войны, размещались 4 береговые батареи, стрелковая бригада, дивизион торпедных катеров и истребительный авиаполк.
После ликвидации немецкого прорыва у Саласпилса, окружения 4-й танковой группы и разгрома немецкого конвоя в Рижском заливе Ставка ВГК сделала вывод, что опасаться немецкого морского десанта на материковое побережье Латвии и Эстонии больше нет оснований. Поэтому появилась возможность сосредоточить усилия командования 27-й армии на обороне Моонзундского архипелага. 18 июля был отдан приказ на передислокацию управления 27-й армии на Сааремаа. На командующего армией генерал-майора Н. Э. Берзарина было возложено командование всеми силами БОБР. Контр-адмирал Кабанов стал его заместителем по флоту, береговой артиллерии и флотской авиации. Одновременно был отдан приказ на передислокацию 6-й кавдивизии с материка на острова Сааремаа и Хийумаа. К 21 июля передислокация дивизии была завершена. В первой половине июля усилиями органов НКВД, флотских радистов и военной контрразведки была ликвидирована вражеская агентура на островах Сааремаа и Хийумаа. Были запеленгованы и ликвидированы пять агентурных радиопередатчиков. Поэтому переброска штаба 27-й армии и 6-й кавдивизии не была своевременно вскрыта немецкой разведкой.
Командование КБФ сочло недостаточными силы флота в Рижском заливе. Туда дополнительно были переброшены два дивизиона эсминцев, еще один дивизион малых подводных лодок и легкие крейсеры «Киров» и «Максим Горький». Поскольку выход из Финского залива контролировали немецкие тяжелые крейсеры, корабли пришлось проводить через мелководный пролив Суур между островом Муху и материком. Так как минимальная глубина пролива составляла всего 6 метров, а осадка крейсеров – 6,9 метра, для проводки пришлось снять с кораблей весь боекомплект, якоря, топливо и большую часть экипажа. Корабли провели через пролив на буксире. Кроме того, все боеспособные подводные лодки были развернуты на позициях в море. Два дивизиона подводных лодок типа «Щ» развернули вдоль морского побережья архипелага и в завесе поперек устья Ботнического залива. Минные заградители продолжали еженощно выставлять минные банки у Кенигсберга, Лиепаи, у входа в Ботнический залив.