Поскольку от продажи нефти ни один доллар не вернулся в бюджет России, можно смело утверждать, что и В. С. Черномырдин и О. Давыдов не ошибались в выборе фирмы и её руководителя. Именно такие люди тогда были нужны чиновникам, пожелавшим стать богатыми за счет природных ресурсов России. И главное, ни перед кем не надо было отчитываться. Пропало 700 000 тон нефти? Ну и ладно. Она же нигде не была учтена.
Масштабы финансовых операций фирмы «МЭС» не могли не вызвать интереса швейцарской прокуратуры. Поскольку основная часть экспорта нефти из России пришлась на Швейцарию, сразу же были найдены в одном из банков этой страны огромные деньги, принадлежащие АО «МЭС». Началось следствие. Были заморожены десятки миллионов долларов, и под подозрением оказалось всё руководство фирмы.
Любопытную информацию получила российская «Общая газета». Один из руководителей Министерства экономики дал этой газете интервью, в котором рассказал, что к нему приходил Бородин и просил на реконструкцию Кремля 10 триллионов рублей (тогда около двух миллиардов долларов). Когда этот руководитель Бородину отказал, тот попросил 5 млн. тон нефти, и с этим пришлось согласиться.
И хотя сметы на реставрационные работы в Кремле не было, Бородин нашел, кроме нефтяного, еще несколько источников финансирования. Одним из них стал швейцарский кредит, организованный Виктором Столповских, к тому времени ставшим президентом «Mercata Traiding». Вероятнее всего, Бородин уже тогда знал, что деньги от продажи нефти не поступят на счета Минфина, а останутся за границей. Это были параллельные источники финансирования, и они не дополняли друг друга. Официально до сих пор считается, что Кремлевский проект финансировался швейцарским кредитом. Сумма кредита, согласно Указу президента, должна была составлять не более 312 млн. долларов. Позднее еще 180 млн. долларов было получено под реконструкцию здания Счетной Палаты.
Под эти кредиты Управление делами президента выпустило векселя на сумму 312 млн. долларов. На самом же деле было выпущено векселей на 492 млн. долларов, номиналом по 1 млн. долларов. Обналичивала в Европе эти векселя уже известная нам фирма «Mercata Traiding». По данным швейцарских следователей Виктору Столповских удалось получить под векселя минимум 450 млн. долларов.
Из трех источников управляющим делами президента Павлом Бородиным была получена сумма, на много превышающая сметную стоимость работ. Тем не менее, денег исчезло так много, что оставшихся не хватило не только для продолжения реконструкции Большого Кремлевского дворца, но даже для расчета с Паколли, а также с рабочими за уже выполненные работы. Почти на год задержали выплаты реставрационным мастерским Министерство культуры. В результате реставраторы получили оплату уже после дефолта, вчетверо полегчавшими рублями. Десяткам иностранных рабочих вообще не заплатили.