Академия находилась на подъеме. Президентом ее с незапамятных времен был Иван Богданович Шлегель, немец и русский патриот, неукоснительно преданный делу. Академия, подчинявшаяся Военному министерству, пользовалась некоторой автономией, имела собственную цензуру, беспошлинно выписывала из-за границы книги и учебные пособия. Конференция профессоров имела право разрешать множество вопросов, за исключением тяжб о недвижимом имуществе. Корпус зданий активно расширялся, были присоединены Второй военно-сухопутный и Морской госпитали, имелись ботанический сад и различные клиники, в 1846 году Николай Иванович Пирогов основал Анатомический институт. Увы, со смертью в 1851 году Шлегеля началось пятилетнее президентство Венцеслава Венцеславовича Пеликана, запомнившееся проверками, в форменных ли сюртуках сегодня профессора и чисто ли они выбриты, и резким ухудшением питания казеннокоштных воспитанников.
Извечной «ложкой дегтя» была борьба в Конференции русской и немецкой партий. Сказывалось не только неизбежно большое число иностранцев среди профессоров, но и воспоминания о некогда существовавшем в академии Немецком отделении, специально открытом для выходцев из Курляндии, не знавших русского языка и не желавших его учить. С течением времени все смешалось: Пирогов входил в немецкую партию, в русской состояли Шлегель и легендарный анатом Венцеслав Леопольдович Грубер, который все 40 лет своей работы в Петербурге общался со студентами исключительно на смеси немецкого с латынью. В конце концов замученная им молодежь составила «груберистику» — список обычно задаваемых на экзаменах вопросов и желаемых ответов, изложенных на неподражаемом жаргоне преподавателя.
Учебный год длился с 1 сентября по 1 июля. Бородин влился в огромную толпу первокурсников: только казеннокоштных поступило 250 при высоком конкурсе (сказалось закрытие Медико-хирургических академий в Москве и Вильно). Большинство традиционно составляли семинаристы, отчего нравы в общежитии царили скорее бурсацкие. Инспектор с помощниками успевали надзирать и за поведением вольнослушателей, навещая их на квартирах.
Жизнь Бородина в академии началась с праздника: 16 сентября 1850 года отмечалось ее пятидесятилетие. В летнем конференц-зале происходила торжественная церемония: с подобающими случаю речами, пением хора, игрой оркестра, с целым десантом великих князей, по такому случаю избранными Конференцией в почетные члены, с представлением очерка истории академии за 50 лет, составленного профессором Прозоровым, с завтраком для почетных гостей и вечеринкой для учащихся… Затем начались трудовые будни. Бородин всерьез готовился к поприщу врача. Митя вспоминал: «Занятиям по академии брат предавался всей душой; провонял совсем трупным запахом…» Второй курс почти целиком уходил у студентов на анатомию: Грубер, за суровость и непреклонность прозванный «выборгским императором», свирепствовал. Благодаря беглому немецкому Саша хорошо успевал у «императора» и в дальнейшем остался с ним дружен. От чрезмерного усердия он однажды поранил палец и заработал трупное заражение, от которого его вылечил профессор Виктор Виллибальдович Бессер, читавший диагностику. Учеба шла отлично, по результатам экзаменов Бородин в огромном потоке переходил с курса на курс первым.