Действительно, 25 марта 1856 года по рекомендации Зинина Бородин стал сверхштатным ординатором Второго военно-сухопутного (Николаевского) госпиталя, а 3 апреля того же года — ассистентом при кафедре общей патологии и общей терапии академии, возглавляемой Николаем Федоровичем Здекауером, где «заведовал техническими упражнениями студентов». Вскоре после этого семья перебралась в дом Климовых на Большом Сампсониевском проспекте, по другую сторону от академии. В том же году кузина Бородина Мари Готовцева вышла замуж за его друга Ивана Максимовича Сорокина, в будущем профессора судебной медицины и ученого секретаря академии. Осенью она умерла в родах, и внезапно овдовевший «Макея» поселился вместе с Бородиным и его семьей.
В госпитале молодому врачу доверили холерное отделение. Через десять дней службы он дополнительно принял две палаты Первого отделения с обязательством каждое утро присутствовать при перевязках в еще трех, которыми ведал Иван Михайлович Балинский, с утра до ночи занятый в психиатрическом отделении. Служба приносила неоднозначные впечатления. Раз пришлось вытаскивать кость из горла кучера чрезвычайно высокопоставленного лица. Во время операции щипцы сломались. Когда всё благополучно завершилось, кучер бухнулся молодому врачу в ноги. «Я же с трудом удержался от того, чтобы не ответить ему тем же самым, — вспоминал Бородин. — Подумайте только, что бы было, если бы я завязил обломок щипцов в горле такого пациента!»
В детской памяти Мити запечатлелся другой случай: «В первый год службы брата ординатором госпиталя пришлось однажды ему, как дежурному, вытаскивать занозы из спин прогнанных сквозь строй шести крепостных человек полковника В., которого эти люди за жестокое обращение с ними, заманив в конюшню, высекли там кнутами. С братом три раза делался обморок при виде болтающихся клочьями лоскутов кожи. У двух из наказанных виднелись даже кости». Троекратные обмороки у врача, повидавшего виды в академических клиниках!
Третий случай — знакомство осенью 1856 года с семнадцатилетним подпрапорщиком лейб-гвардейского Преображенского полка Модестом Петровичем Мусоргским. Композиторы, в будущем составившие гордость русской музыки, встречались то на дежурствах в госпитале, то на вечерах у его главного врача Корнилия Адриановича Попова. Бородин «фотографически» запомнил Мусоргского, «только что вылупившегося из яйца», то есть выпущенного в полк: «М. был в то время совсем мальчонком, очень изящным, точно нарисованным офицериком: мундирчик с иголочки, в обтяжку; ножки вывороченные, волоса приглажены, припомажены, ногти точно выточенные, руки выхоленные, совсем барские… Он сидел за фортепьянами и, вскидывая кокетливо ручками, играл весьма сладко, грациозно и пр. отрывки из