Никогда ещё в Соловецком монастыре не было столь деятельного и хозяйственного настоятеля. При Филиппе были построены два каменных собора с колокольней, трапезной и хлебопекарней, больница, кельи и пристань на Заячьем острове; сделаны кресты-маяки на других островах, устроен кирпичный завод, проведена сеть каналов, соединивших 52 озера и использовавшихся для водяных мельниц.
Но широкую известность игумену принесла не столько его хозяйственная деятельность, сколько его добродетельная жизнь и мудрость. Прослышал о Филиппе и царь, усердный вкладчик Соловецкого монастыря. Как раз в это время митрополит Афанасий, протестуя против опричных казней, оставил митрополичий престол (1566). Иван Грозный вызвал в Москву казанского владыку Германа.
Состоялось соборное избрание. Герман жил уже на митрополичьем дворе, когда к нему пришёл Иван. В разговоре с царём Герман тихим и кротким голосом напомнил царю о страшном суде божием, где с государей взыскивается как и с простых смертных. Эта слабая попытка повлиять на зарвавшегося самодержца кончилась отстранением Германа.
Митрополит Филипп
– Ещё и на митрополию не возведён, а уж связываешь меня неволею! – возмутился Грозный.
Отринув Германа, царь потребовал нового кандидата на митрополичью кафедру. Освящённый собор предложил игумена Филиппа. Тот отказался. Начались уговоры. Иван обещал советоваться с будущим главой церкви. 60-летний старец согласился.
Какое-то время Грозный действительно прислушивался к мнению Филиппа, но вскоре всё вернулось на круги своя, и царь стал избегать личных встреч с духовным пастырем Руси. Но в церкви это делать не удавалось. Считая, что царь страдает «богоуподоблением», Филипп пытался умерить его притязания.
– Если и высок ты саном, то естеством телесным подобен всякому человеку, ибо, хотя и почтён образом Божиим, но и смерти причастен, – напоминал митрополит.
Но эти увещевания только возбуждали гнев владыки, и он начал готовиться к низвержению нового главы церкви.
В Соловецкий монастырь была срочно направлена комиссия для сбора компрометирующих материалов на бывшего игумена. Узнав об этом, Филипп понял, что готовится расправа, но это не остановило его. 22 марта 1568 года произошло его открытое столкновение с царём. Грозный явился в Успенский собор со своими приближёнными в чёрных ризах и высоких «халдейских» шапках.
Филипп отказался благословить его и начал обличать:
– Доколе ты хочешь лить неповинную кровь твоих верных людей и христиан? Доколе неправда будет царить в Русском царстве? Подумай о том, что, хотя Бог возвысил тебя, ты всё же смертен и Он взыщет с тебя за невинную кровь, пролитую твоими руками!