И действительно, вернувшись из длительной поездки, Иван впервые показал зубы. Подобострастный летописец записал в конце 1543 года: «Той же зимой, 29 декабря, великий князь всея Руси Иван Васильевич не смог больше терпеть того, что бояре бесчиние и самовольство творят, что без воли великого князя, с совета единомышленников и советчиков своих, по своему хотению многие убийства совершают и, по молодости государей, многие неправды земле учиняют. И повелел схватить первосоветника их, Андрея Шуйского, и выдать его на расправу псарям. И схватили его псари, и убили в Кремле, напротив Ризоположенских (Троицких) ворот».
Повеление об аресте Андрея Шуйского князь-отрок отдал на заседании Думы. Его исполнение было поручено псарям (по-видимому тем, с которыми Иван был на охоте). То есть это «мероприятие» было обговорено заранее. Псари не повели боярина в тюрьму для разбора его провинностей, а прикончили по дороге к ней.
После расправы с А. М. Шуйским задним числом были оглашены его вины: ограбление дворян, насилие над крестьянами и горожанами, бесчинства его слуг. Не избежало наказания и ближайшее окружение Андрея Михайловича: кто-то поплатился тюрьмой, кто-то отделался ссылкой, а Афанасию Бутурлину за поносные слова в адрес государя урезали язык. Подводя итоги этим расправам, летописец писал: «И от тех мест[5] начали бояре боитися от государя, страх имети и послушание». «Шуйское царство» кончилось, но боярское правление продолжалось – великий князь был ещё слишком молод, чтобы твёрдо взять власть в свои руки.
…В декабре 1544 года по явным противникам великого князя был нанесён второй удар: сослали князя Ивана Кубинского, его домочадцев и родственников. Сторонникам боярского беспредела давали понять: прежнего влияния на государственные дела им не возвратить и лучше держаться скромнее и тише. Но ослушников государевой воли ещё хватало.
В декабре 1544 года крымский царевич Иминь вторгся в Белевский и Одоевский уезды южных территорий Руси. На ликвидацию набега были направлены Пётр Щенятев, Константин Курлятев и Михаил Воротынский. На встречу с противником воеводы не спешили, погрязнув в спорах по поводу старшинства. Пока они выясняли, чей род древнее и кому руководить походом, татары, разграбив городки и сёла уездов, ушли с большим полоном восвояси.
На следующий год Иван Васильевич решил предпринять поход на Казань. Командующим русскими войсками он назначил князя Микулинского. Тот порученное ему предприятие воспринял как наказание и спрашивал великого князя: за что ему такая опала? в чём его вина? Поход он сорвал, ограничившись «лёгким делом» на лодках.