Важнейшим объектом разведывательно-подрывной деятельности противника оставались армия и флот — в частности, в начале марта 1921 года контрреволюции удалось спровоцировать мятеж в Кронштадте. Он оказался достаточно неожиданным для органов безопасности, несмотря на то, что ранее уже звучал «первый звонок» на мятежных «Красной Горке» и «Серой Лошади». На сей раз в восстании приняли участие более 27 тысяч матросов и солдат — практически весь Кронштадтский гарнизон, в руках которого оказалась главная база Балтийского флота, два линкора и многие другие корабли, до 140 береговых орудий. И опять, в который раз, восставшие проявили нерешительность и беспомощность. Разумнее всего им было бы дождаться скорого уже ледохода или хотя бы разбить орудийным огнем тающий лед — но нет, с восстанием поспешили, а потом стали ждать присоединения «питерских товарищей». В итоге Кронштадтский мятеж был подавлен в результате ночного штурма, осуществленного по льду Финского залива войсками 7-й армии М. Н. Тухачевского.
* * *
В самом конце декабря 1921 года Дзержинский в одном из своих писем вновь поднял тот же вопрос взаимоотношений между Особым отделом и ВЧК:
«Ужасно туго идет объединение, товарищи все друг друга „лучше“ — особотделисты и вечекисты. А если объединения не произойдет, упразднят нас быстрее, чем это нужно. Сейчас положение таково, что какой-нибудь инцидент, даже мелкий, может вызвать крупные последствия. Каждый „обиженный“ станет „обличителем“. Но черт с этим. Пишу это не для нытья, нам нужно сейчас напрячь силы для перестройки, для избежания справедливых нареканий, быть начеку… И подтянуть наши органы до уровня чисто партийных и устранить всякий параллелизм (ос. [обые] от. [делы] и ЧК).
Я боюсь, что особое существование ЧК и ос. [обых] от. [делов] при отсутствии внешних фронтов доведет до драки и упадка.
По-моему, в конечном счете ос. [обые] от. [делы] не должны быть. Персональная уния наверху не решает вопроса. Органы ВЧК на местах должны быть едины, и базой их — местная власть; только там, где есть особые политич. [еские] соображения, не передавать всей власти местным советским органам, можно оставлять ос. [обые] отд. [елы] для свободы действий центральной власти. Но представителем ц. [ентральной] власти по линии ВЧК должен быть наш представитель. Он же нач. [альник] всех ЧК. Теперь это нетрудно было бы сделать вхождением Фрунзе в Совнарком. Схема моя такова: Цупчрезком единый и единственный орган ВЧК на Украине, ос.[обые] от. [делы] не при Цупчр. [езкоме], а Цупчрезкома (как и у нас не при ВЧК, а просто ВЧК). Никаких окружных ос. [обых] от. [делов]. (Какая их база? Окрвоенком?) Если нужно, при окрвоенкоматах могут быть уполномоченные нач. [альника] Цупчрезкома с правами, определяемыми не Конституцией, а Вашими полномочиями. Каждая губчека имеет там, где нужно, свой ос. [обый] от. [дел] на случай военных действий и необходимости образовать армейские ос. [обые] от. [делы] (подвижные, а не территориальные, приспособленные для войны, а не мира), должен быть мобилизационный план, уже сейчас составляемый»