При Ежове, с 28 ноября 1936 года, Особый, 5-й, отдел ГУГБ НКВД СССР возглавил комиссар госбезопасности 2-го ранга И. М. Леплевский, который 14 июля 1937 года был назначен наркомом внутренних дел Украины, где осуществлял «политику массовых репрессий». Его сменил очень толковый комиссар госбезопасности 3-го ранга Н. Г. Николаев-Журид — бывший прапорщик, сотрудник Разведупра РККА, имевший не только опыт нелегальной работы в «белом лагере», но и в отличие от самоучки Леплевского не законченное из-за войны высшее образование…
Главное управление госбезопасности просуществовало недолго: 28 марта 1938 года состоялось решение Политбюро об очередной реорганизации НКВД и ликвидации ГУГБ. Новая структура НКВД СССР была объявлена приказом № 00362 от 9 июня. В состав наркомата вошли три управления: Первое — Государственной безопасности, Второе — Особых отделов, Третье — Транспорта и связи.
В состав Второго управления — оно же Управление особых отделов НКВД СССР — входили отделы: 1-й — авиация, 2-й — автобронетанковые и технические войска, 3-й — пехота, кавалерия, артиллерия, 4-й — ВМФ, 5-й — штабная служба, ПВО, связь, Разведывательное управление (РУ) РККА, снабжение и финансы РККА, 6-й — оперативный, занимавшийся арестами, обысками, наружным наблюдением.
Начальником Второго управления был назначен комиссар госбезопасности 1-го ранга Л. М. Заковский (Генрих Эрнестович Штубис), одновременно продолжавший руководить УНКВД по Московской области и исполнять обязанности заместителя наркома внутренних дел. Но в течение апреля он был постепенно освобожден от всех этих своих должностей, а в ночь на 30 апреля арестован по обвинению «в шпионаже и участии в деятельности правотроцкистской организации». В конце лета Заковского расстреляли.
Заковский Леонид Михайлович (Штубис Генрих Эрнестович) (1895–1938). В органах ВЧК — ОГПУ — НКВД с декабря 1917 года. В 1918 году — особоуполномоченный Президиума ВЧК на Западном, Восточном и Южном фронтах. С 15 июля 1934 года — нарком внутренних дел Белорусской ССР и начальник Особого отдела ГУГБ НКВД Белорусского военного округа. С декабря 1934 года — начальник УНКВД по Ленинградской области. С января 1938 года — начальник УНКВД по Московской области и заместитель наркома внутренних дел СССР. Одновременно в марте — апреле 1938 года — начальник Управления особых отделов НКВД. Комиссар госбезопасности 1-го ранга. Арестован 29 апреля 1938 года, 29 августа приговорен к высшей мере наказания и расстрелян.
Комментарий историка:
«Заковский в ночь на 16 октября 1920 года арестовал 315 бывших офицеров и военных чиновников, из-за чего „большинство учреждений в Одессе, подведомственных Киевскому военному округу, поставлены в катастрофическое положение“. Основная их часть была некоторое время спустя освобождена, но многие не вырвались из подвалов Заковского: только в 1920-м одесские чекисты арестовали 10 225 чел. И расстреляли 1418. Одним из крупнейших дел, сфабрикованных подчиненными Заковского, стала объединенная организация белогвардейцев, петлюровцев и польских шпионов, по которой 194 чел. были арестованы, из них 100 — расстреляны».