Вскоре, в соответствии с Указом Президента РСФСР от 26 ноября 1991 года «О преобразовании Комитета государственной безопасности РСФСР в Агентство федеральной безопасности РСФСР», ГУ ВКР было переподчинено этому агентству уже в качестве Управления военной контрразведки.
Затем, Указом Президента России от 24 января 1992 года, на базе АФБ РСФСР и МСБ СССР было создано Министерство безопасности РФ, которое 21 декабря 1993 года было преобразовано в Федеральную службу контрразведки РФ, ставшую 3 апреля 1995 года Федеральной службой безопасности Российской Федерации. Управление военной контрразведки входило в состав этих ведомств.
В ходе последующей реорганизации служб безопасности, с 6 июня 1997-го по 10 августа 1998 года, управление входило в состав Департамента контрразведки ФСБ РФ, после чего вновь стало самостоятельным подразделением ФСБ России — Управлением военной контрразведки. С 7 февраля 2000 года УВКР, сохраняя это название, стало также именоваться еще и Третьим управлением ФСБ. 4 августа 2004 года оно было преобразовано в Департамент военной контрразведки (3-й департамент) ФСБ России, в коем статусе пребывает и поныне.
Наряду с различными структурными изменениями совершенствовалось правовое регулирование работы военной контрразведки. В настоящее время задачи и направления ее деятельности определены Федеральным законом РФ «О Федеральной службе безопасности» от 3 апреля 1995 года № 40-ФЗ с соответствующими изменениями и дополнениями, а также «Положением об управлениях (отделах) Федеральной службы безопасности Российской Федерации в Вооруженных силах Российской Федерации, других войсках, воинских формированиях и органах (органах безопасности в войсках)», утвержденным Указом Президента РФ от 7 февраля 2000 года № 318.
«В систему органов безопасности в войсках входят Департамент военной контрразведки ФСБ России, а также управления и отделы Федеральной службы безопасности по военным округам и флотам, внутренним войскам МВД, Космическим войскам РФ, Командованию специального назначения[339], объединениям центрального подчинения; отделы ФСБ по объединениям, соединениям, воинским частям, гарнизонам, военным образовательным учреждениям вооруженных сил, других войск, воинских формирований и органов. ДВКР осуществляет непосредственное руководство органами безопасности в войсках, обеспечивает безопасность в центральных органах управления вооруженных сил, других войск, воинских формирований и органов, а также в непосредственно подчиненных им воинских частях и организациях.