Задачи органов безопасности в войсках стали гораздо шире и разностороннее тех, которые решались военной контрразведкой в советский период. Но, как и прежде, на первом месте стоит выявление, предупреждение и пресечение разведывательной и иной деятельности спецслужб и организаций иностранных государств, а также отдельных лиц, направленной на нанесение ущерба безопасности Российской Федерации, Вооруженных сил РФ, других войск, воинских формирований и органов. Важное значение имеет добывание разведывательной информации об угрозах безопасности нашей стране и ее вооруженным силам; совершенно новым стало выявление, предупреждение и пресечение террористической и диверсионной деятельности, а также преступлений, отнесенных федеральным законодательством к подследственности органов Федеральной службы безопасности, и предотвращение несанкционированных действий с оружием массового поражения. Задачу обеспечения защиты сведений, составляющих государственную тайну, также можно назвать традиционной, зато организация и осуществление в Вооруженных силах РФ, других войсках, воинских формированиях и органах во взаимодействии с другими государственными органами борьбы с организованной преступностью, коррупцией, контрабандой, незаконным оборотом оружия, боеприпасов, взрывчатых и отравляющих веществ, наркотических средств и психотропных веществ, специальных технических средств, предназначенных для негласного получения информации, с незаконными вооруженными формированиями, преступными группами, отдельными лицами и общественными объединениями, ставящими своей целью насильственное изменение конституционного строя, насильственный захват или насильственное удержание власти вошли в функции военной контрразведки сравнительно недавно. В числе задач остаются также участие в обеспечении Президента РФ, председателя Правительства России и по их поручениям федеральных органов государственной власти, а также органов государственной власти субъектов РФ информацией об угрозах безопасности Российской Федерации и ее вооруженных сил, а также участие в оперативном (контрразведывательном) обеспечении защиты государственной границы Российской Федерации.
Как и прежде, военная контрразведка обеспечивает руководство Минобороны и Генштаба, командование на местах информацией о предпосылках к чрезвычайным происшествиям в войсках и возникающих угрозах их безопасности, оказывает помощь в поддержании на должном уровне боеготовности и боеспособности частей и соединений, вносит весомый вклад в борьбу с негативными явлениями и фактами искривления дисциплинарной практики в воинских коллективах»