В 30—40-х гг. XIX в. спор о Несторе принял иное направление. А. Куба-рев в ряде статей сопоставил летопись с Житием Бориса и Глеба, а также Житием Феодосия Печерского, достоверно принадлежавшими Нестору. В летописи эти сюжеты излагал «ученик Феодосия», а в житиях — ученик преемника Феодосия — Стефан, лично Феодосия не знавший и писавший по воспоминаниям немногих знавших его старцев. Аргументацию А. Кубарева поддержал П.С. Казанский, полемизируя, в частности, с П. Бутковым, пытавшимся признать разнородные памятники, принадлежащими одному и тому же автору — Нестору. Именно П. Бутков пытался примирить сочинения Нестора с текстами летописи, полагая, что Нестеровы жития были написаны значительно ранее составления летописи (тем же Нестором). Этот аргумент будет позднее использован A.A. Шахматовым (впоследствии он от него отказался) и живет в некоторых работах до сих пор.
В 1862 г. вышла небольшая, но важная статья П.С. Билярского. Автор убедительно показал различия в языке житий и летописи, которые никак не позволяют приписать те и другие тексты одному автору. В том же и следующем году свое мнение о летописях высказал один из крупнейших лингвистов XIX столетия И.И. Срезневский. Он не отрицал участия Нестора в летописании (хотя и не обосновал этого), но впервые поставил вопрос о летописных текстах X в. и об участии многих летописцев в составлении того текста, который известен под названием «Повесть временных лет». Появилось также несколько публикаций о сложности летописной хронологии из-за разных систем счета лет.
В 1868 г. вышла основательная работа К. Бестужева-Рюмина, доказывавшего, что все русские летописи, включая «Повесть временных лет», являются сводами, основанными на различных письменных и устных источниках. В последующей полемике, продолжающейся и до сих пор, обозначились разные взгляды на само понятие «летописный свод», а главное на способы выявления источников и причинах тех или иных вставок или изъятий текстов из летописей. В XX в. определились два основных подхода: A.A. Шахматова (1864—1920) и Н.К. Никольского (1863—1935). Шахматов полагал, что надо сначала реконструировать текст того или иного свода и лишь затем оценивать его содержание. В итоге, он много лет пытался восстановить редакции «Повести временных лет», но под конец пришел к заключению, что это сделать невозможно. Неоднократно он менял взгляд и на авторство основной редакции, то приписывая ее Нестору — автору житий, то Сильвестру. Древнейший свод, по Шахматову, был составлен в конце 30-х гг. XI в. в качестве своеобразной пояснительной записки в связи с учреждением в Киеве митрополии константинопольского подчинения. Многочисленные сказания, являющиеся как бы параллельными текстами к сообщениям летописей, он признавал извлечениями из летописей. Н.К. Никольский гораздо большее внимание уделял содержательной, идеологической стороне летописных текстов, усматривая и в разночтениях прежде всего ту или иную заинтересованность летописцев и стоящих за ними идейно-политических сил. Соответственно и все внелетописные повести и сказания он считал не извлечениями из летописей, а их источниками. Литература в целом в Киевское время ему представлялась более богатой, чем это принято было думать ранее, а начало летописания он готов был искать в конце X в. Эти два подхода живут и поныне в работах по истории летописания.