Продвижение Шапошникова в испытывавшей недостаток квалифицированных военных кадров Красной Армии шло довольно быстро. С февраля 1921 г. он вступил в должность первого помощника начальника Штаба РККА М. В. Фрунзе. В мае 1928 года Шапошников сам становится начальником Штаба РККА. К концу 20–х годов реорганизация РККА стала постепенно приближать армию к общемировым стандартам управления. Именно Б. М. Шапошников первым обосновал и показал необходимость иметь в вооруженных силах единый рабочий орган военного руководства — Генеральный штаб Рабоче–Крестьянской Красной Армии. В середине 30–х поворот от революции к историческим корням Российской империи был произведен окончательно. В сентябре 1935 г. Красная Армия была увенчана офицерской иерархией, которая начиналась лейтенантом и заканчивалась маршалом. Была воссоздана каста людей, чья профессия «Родину защищать». Одновременно постановлением СНК СССР от 22 сентября 1935 г. Штаб РККА переименовывается в Генеральный штаб. В мае 1937 г. Б. М. Шапошников был назначен начальником Генерального штаба и оставался им до августа 1940 г. В июле 1941 г. он вновь занял этот пост вместо смещенного из–за конфликта с И. В. Сталиным Г. К. Жукова. Борис Михайлович, несомненно, был более подходящей фигурой на роль начальника Генерального штаба, чем обладавший прежде всего опытом непосредственного управления войсками Г. К. Жуков. Кульминацией работы Шапошникова на этом поприще стало планирование и проведение общего наступления Красной Армии зимой 1941/42 г.
Важным преимуществом Б. М. Шапошникова как личности, принимающей стратегические решения, была его глубокая военно–теоретическая подготовка. Еще в 1923 г. он издает крупное научное исследование тактики и организации кавалерии — «Конница». Год спустя он публикует книгу «На Висле» об операциях 1920 г. В 1927—1929 гг. выходит его трехтомный труд «Мозг армии», посвященный работе Генерального штаба, экономическим и политическим вопросам ведения войны.
Маршал Шапошников был во многом выразителем идей русской военно–теоретической школы, которые стали основой советской стратегии в Великой Отечественной войне. В своем программном труде «Мозг армии» Б. М. Шапошников часто цитирует «Стратегию» А. А. Свечина. Несмотря на трагическую судьбу самого Александра Андреевича Свечина (расстрелянного 29 июня 1938 г. по обвинению в «военно–фашистском заговоре»), высказанные им идеи жили уже независимо от автора. Ключевую роль в событиях 1941—1942 гг. сыграли свечинские идеи «перманентной мобилизации», предусматривавшей формирование новых дивизий и армий уже после развертывания армии в начальный период войны.