Затем он вернулся в Чокоргьял. На этот раз он выполнил большие практики для призывания Палдэн Лхамо и освящения озера Ламой Лацо, наделив его способностью стать озером видений. И действительно, с тех пор и доныне это озеро знаменито как место паломничества, которое может вызывать видения тех, кто устремляет взор в его воды.
Здесь Гьялва Гендун Гьяцо встретился с достигшим реализации йогином Кецун Тонпа Йонтэном Гьяцо и получил от него посвящения. В их числе были: посвящения Херуки традиций Луивы и Гандхапады; комментарий к йогам стадии завершения [Херуки]; посвящение в мандалу Махавайрочаны; три красные практики [Ваджрайогини, Курукуллы и Хаягривы]; оранжевая и белая формы Манджушри; Учарья; Ваджрапани; восемь Вайшраван; Кинкара; Шраманадэви; Нагаракша; традиция двадцати одной Тары Атиши и многие другие посвящения и учения.
После этого периода интенсивного изучения и практики он получил от собрания монахов и монахов-чиновников предложение принять должность Владетеля Львиного Трона Бесстрашия монастыря Дрепунг. С благословения своих учителей он его принял. Это назначение было горячо одобрено Дхармараджей Нгаванг Таши Драгпа Гьялценом.
В те времена Тибет страдал от расколов, и новая школа Гелуг подвергалась большим притеснениям. На протяжении предшествующих девятнадцати лет — с тех пор, как стал править Кишо Ринпунг, — всем гелугпинским монахам было запрещено присутствовать на великом празднике Монлам в Лхасе, том самом, который учредил основатель этой школы Лама Цонкапа. Согласно порядку, заведенному Ринпунгом, уже почти два десятка лет этот праздник проводился или Ламой Сангпупой, или Кармапой. В тот год монахи монастырей Сэра и Дрепунг обратились к властям с просьбой разрешить им присутствовать на собственном празднике. Такое разрешение было получено, и триста монахов из Сэра, а также почти тысяча монахов из Дрепунга заняли свое место в центре собрания. Гьялва Гендун Гьяцо совершил традиционное чтение джатак.
В год земли-тигра Гьялва Гендун Гьяцо построил Гандэн Подранг как подразделение монастыря Дрепунг. Ему предстояло стать главной резиденцией последующих Далай Лам, пока спустя столетие с четвертью великий пятый Далай Лама не построил Поталу. Поэтому со времен второго [Далай Ламы] Далай Ламу часто называли “Лама Дрепунга”.
В год огня-птицы Гьялва Гендуна Гьяцо попросили возглавить монастырь Сэра и, поселившись в нем, давать учения.
В течение жизни у Гьялва Гендуна Гьяцо было больше десяти гуру. Сам он говорил, что больше всех из них считал себя обязанным своему отцу, Доржечангу Кунга Гьялцену, который был его первым учителем и постоянным духовным наставником, а во-вторых, великому йогину Дже Норсангу Гьяцо, который столь много сделал для него на средних и последних этапах его практики.