Гьялва Гендун Гьяцо — автор множества произведений. Собрание его сочинений составляет четыре объемистых тома, объединяющих десятки трудов. В числе его сочинений — комментарии к различным аспектам йог стадий зарождения и завершения тантр Гухьясамаджи, Херуки и Ваджрабхайравы, его трактаты по Шести йогам Наропы и Шести йогам Нигумы, изложение систем индийских школ буддизма, его комментарий к “Манджушринамасамгити” и многие другие труды по традициям Сутраяны и Ваджраяны.
В течение своей жизни он выполнял практику медитации, включающую методы многих главных школ тибетского буддизма. В традиции школы Нингмапа он практиковал Хаягриву, мирную и гневную форму Гуру Ринпоче, Нагаракшу и т. д. Из школы Сакья он практиковал Ваджрайогини Наропы, три красные мандалы и многое другое. Из Кадампы он взял многочисленные мандалы мирных и гневных божеств Ста Практик Нартанга, различные практики охранителей, Четыре Божества Медитации и т. д. Из школы Кагью он применял пять практик мандалы Шангпы, Шесть йог сестры Нигумы, Шесть йог Наропы и т. д. Из Гелуг он взял основные методы Ламрима и практики Сутраяны в сочетании с тройной тантрической системой Гухьясамадаси, Херуки и Ямантаки, а также традицию Калачакры. Что же касается практик Охранителей Дхармы, то обычно он был расположен к большинству из тех практик, которых придерживался его предшественник, [первый Далай] Лама, хотя тот уделял особое внимание практикам Махакалы, а Гендун Гьяцо сосредоточил свое внимание на Палдэн Лхамо.
Так, посредством практики, бесед, диспутов и писательской деятельности, он способствовал тому, чтобы солнце Дхармы воссияло в небе подобно алмазу.
Состарившись, он сказал своим ученикам: “Теперь это тело Ламы стало старым и согбенным, оно больше не годится для того, чтобы служить мне самому или другим. Если бы я снова обрел тело юноши, то смог бы нести тяжелое бремя ответственности за благополучие мира. Это бы меня порадовало”.
В другой раз он сказал: “В этой жизни я установил благую кармическую связь с монастырем Дрепунг и счастлив этим. Но сегодня утром, хотя в монастыре не было чаепития, я услышал звук раковины, созывающий монахов к чаю”.
Вскоре после этого он высказался так: “Покойный Нэдонг и я были, как отец и сын. Нас соединяла сильная кармическая связь. Сегодня ночью во сне я увидел, что получил четыре знамени победы и с ними — послание о том, что они отправлены управляющим Лхасского Дворца”.
В таких словах он иносказательно давал понять своим ученикам, что близится время его кончины.
Утром восьмого дня месяца наг года воды-тигра, сев в медитацию, он скончался. Ему шел шестьдесят восьмой год. Говорят, что он отправился в Страну Будды, чтобы побеседовать с Буддами и Бодхисаттвами о том, когда и где ему следует переродиться на благо живых существ.