Вся политическая жизнь Эквадора в XIX веке проходила под знаком борьбы либеральной и консервативной партий. Либералы представляли интересы торгово-промышленных кругов экономически наиболее развитой провинции Гуано, а консерваторы — помещиков и церковников более отсталых внутренних районов. В 1845 году либералы свергли консерваторов и приняли новый флаг и герб. Флаг состоял из белой, синей и белой вертикальных полос (напоминая цвета повстанческого флага 1820 года), причем на синей полосе изображались 7 белых звезд по числу провинций и новый герб.
Этот герб, за исключением некоторых деталей, явился прообразом современного герба. Он включил многие прежние эмблемы: гору, кондора, солнце, ликторский пучок, знаки Зодиака (теперь их стало четыре, обозначавших лишь те месяцы, в которые проходило победоносное восстание либералов), но композиция была принципиально новой.
В 1859 году власть вновь захватили консерваторы. На следующий год они восстановили прежний флаг 1830 года, а с герба убрали знаки Зодиака и заменили на нем обрамляющие щит флаги на новые. Диктатура консерваторов была свергнута в 1875 году, а три года спустя либералы восстановили герб и (с небольшими изменениями) флаг 1845 года. На синей полосе флага были теперь лишь звезды, а герба не было. Хотя в 1884 году у власти вновь оказались консерваторы, они в тот период стремились к примирению с умеренными либералами и не стали менять герб и флаг.
В 1895 году к власти вновь пришли либералы. В тот период они стали выступать за воссоздание Великой Колумбии и поэтому в 1900 году приняли флаг колумбийских цветов, который с тех пор не менялся. Флаг Эквадора длиннее флага Колумбии (пропорции соответственно 1:2 и 2:3) и на государственном флаге Эквадора изображен герб (национальный флаг — без герба), в то время, как в Колумбии флаг без герба является и государственным и национальным. Желтый цвет на эквадорском флаге символизирует солнечное сияние, плодородие земли, природные богатства, поля пшеницы и кукурузы, благосостояние страны; синий цвет — небо, реки и Тихий океан; красный — кровь патриотов, пролитую в борьбе за свободу. В Эквадоре, в отличие от других стран, существует и особый муниципальный флаг, вывешиваемый на официальных местных учреждениях. Это упрощенная версия государственного флага, на котором герб заменен кругом из белых звезд, число которых соответствует числу провинций.
Современный герб Эквадора в основном повторяет герб 1845 года. В последний раз небольшие изменения в его детали внесены в 1930 году. Центральная часть герба занимает пейзаж Эквадора с его высочайшей заснеженной вершиной — потухшим вулканом