Долгое время считали, что священные источники питаются подземными родниками, которые и пробили толщу скал. В 1980 году, однако, было сделано сенсационное открытие: оказывается, происхождение их искусственное. Разветвленная, совершенная в гидротехническом отношении система подземных галерей несет талую воду с ледников.— А разве не чудо эти каменные резервуары — колькас, которые служили хранилищами пищевых продуктов,— увлеченно рассказывал археолог.— Это только на первый взгляд кажется, что в них нет ничего особенного. Я же называю их «сухими холодильниками». Все стены колькас тщательно обмазывались глиной, а по дну проходили вентиляционные каналы для поступления холодного воздуха. Каждый продукт, будь то кукуруза, картофель или вяленное на солнце мясо, помещали в резервуар особой конструкции, располагались они на разной высоте.
Место для могучей крепости инки выбрали с прозорливостью прирожденных стратегов, расположив ее на северной окраине Священной долины и запирая таким образом гигантским каменным замком горный проход в Амазонию. Именно этим путем совершали набеги на земли инков воинственные амазонские племена. За Ольянтайтамбо начинается обширная пампа Анты, которая ведет прямо к сердцу инкской империи — Куско. Ольянтайтамбо, таким образом, без преувеличений можно назвать «амазонским щитом» индейского государства в Андах.
В анналы истории вошел он также и как один из последних очагов сопротивления испанским завоевателям, свидетелем их разгрома.
Когда спустя четыре года после взятия Куско конкистадорами посаженный ими на трон Манко Инка неожиданно поднял восстание, он сделал Ольянтайтамбо своей штаб-квартирой. Брат Франсиско Писарро — Эрнандо возглавил поход на Ольянтайтамбо, думая повторить то, что некогда ему удалось достичь лихой кавалерийской атакой в Кахамарке, когда он взял в плен последнего инкского правителя Атауальпа.
Увидев воочию стены крепости, завоеватели устрашились ее размеров и неприступности. Однако со свойственным им авантюризмом решились на внезапную ночную атаку, рассчитывая застать врасплох спящий гарнизон. Но индейские лазутчики вовремя известили о подходе врага, и испанцев яростно атаковали сразу со многих сторон. Манко Инка приготовил еще один неприятный сюрприз: вскрыв заранее насыпанные на реке Патаканча плотины, залил водой равнину у подножия крепости. Это-то и затруднило действия испанской кавалерии, на которую Писарро возлагал свои надежды. С большим трудом и потерями испанцы избежали полного уничтожения и пробились обратно к Куско.