Дело воспитания подрастающего поколения, по убеждению отца Иоанна, дело «великое и многотрудное». В ложно направленном воспитании праведник видел семена тех плевел богоотступничества, которые могут дать и, к несчастью, дали кровавые цветы революции.
«Что мы хотим сделать из наших юношей? Всезнающих или многознающих ученых мужей? Слишком этого недостаточно, — писал отец Иоанн. — Можно и весьма много знать, как говорится, проглотить науку, быть весьма ученым человеком и в то же время, увы, быть негодным человеком и вредным членом общества. Не ученые ли, например, были французские коммунисты, олицетворявшие в себе так живо в прошлую войну адских фурий? Не на ученой ли почве зарождаются люди с духом отрицания всего святого, отрицания самого божества, божественного Откровения, чудесного, единым словом сотворенного мира и всех существ видимых и невидимых, вообще чудес и даже воскресения мертвых к жизни вечной? Не на ученой ли почве мы встречаем систематический разврат, доказывающий ненадобность благословения Церкви для сожития и прикрывающийся именем гражданского брака? Не в ученых ли, наибольшей частью, головах гнездятся ложные убеждения, что храм и богослужение, даже Евангелие с его учением, чудесами и нравственными правилами, существуют только для черни, но отнюдь не для ученых людей, у которых будто бы есть важнейшие занятия и более разумные? Горе нам, если бы из наших учебных заведений стали выходить такие ученые, с такими ложными взглядами и понятиями о таких важных предметах... Значит, нам нужно образовать не только ученых людей и полезных членов общества, но и — всего важнее и нужнее — добрых богобоязненных христиан. Это мы и стараемся делать. Будем же питомцам внушать, что все знания научные без науки подчинения властям и установленным законам и порядкам общественным не принесут им никакой пользы; что все науки имеют своим центром и исходным началом Бога и Его вечную премудрость, как души имеют своим первообразом Господа Бога, создавшего нас по образу и подобию Своему; что стихийные знания, касающиеся здешнего мира, нужны только здесь, на земле: с разрушением же стихий мира они прекратятся и за пределами гроба нашего будут не нужны; что познание веры и заповедей Божиих, уклонение от греха и добрая жизнь необходимы каждому человеку и здесь, и в будущей жизни. Будем учить их так, чтобы они любили всей душой и всем сердцем Господа и друг друга не забывали; что за пределами времени находится вечность, за пределами видимого мира — невидимый и вечный, прекраснейший здешнего, а за пределами смерти и могилы — жизнь бессмертная: после честных трудов земных, после доброй христианской жизни — вечное упокоение и блаженство на небе у Отца Небесного».