У отца Иоанна был какой-то особый благодатный дар любви к детям. Эта любовь, как заветный ключ, открывала самые недоверчивые ребячьи сердца. Он не ставил двоек, не «резал» на экзаменах, не задавал уроков, а вел в свои часы беседы с питомцами о предметах веры. Спрашивал обычно сначала тех, кто сам изъявлял желание отвечать. За такие ответы батюшка ставил пять с плюсом и награждал еще дорогими для каждого ученика словами:
— Спасибо тебе, дорогое чадо!
Его уроки ожидались, как редкое, праздничное удовольствие. Слушали своего законоучителя затаив дыхание, следя за каждым взглядом его ясных голубых глаз. Случалось, директор говорил ему о каком-нибудь ленивом или дурном мальчике, просил обратить на него особое внимание. Но, придя в класс, батюшка не находил аттестованного «неподдающегося» — настолько он оказывался при батюшке толковым и понятливым.
Наказания отец Иоанн даже в помыслах не держал, потому что и без них дела с учением шли прекрасно. Ученики считали самым великим наказанием, если любимый батюшка был чем-нибудь недоволен. Когда случалось нечто подобное, они изо всех сил старались вызвать у него улыбку.
Каждый день вся гимназия подходила под благословение отца Иоанна, ученики старались почаще ходить к нему на исповедь. Удивительно, насколько чистосердечно они раскрывали перед ним свои души.
Бывали случаи, когда педсовет гимназии постановлял какого-либо шалуна исключить. Тогда отец Иоанн являлся заступником перед начальством, просил не подвергать провинившегося такому строгому наказанию, брал на поруки и принимался терпеливо исправлять его. Проходило время, и из ребенка, не подававшего никаких надежд, выходил дельный, честный, полезный член общества.
Но батюшка отнюдь не был «добреньким» и не потворствовал всем плохим ученикам. Он прощал до тех пор, пока можно было прощать. Если же дальнейшее пребывание ученика в гимназии было не только бесполезным, но даже вредным для других, то он твердо и решительно подавал голос за увольнение непокорного.
«Что делать с совершенно худыми учениками? — вопрошал отец Иоанн в одном из своих поучений.— Для блага всего сада, всего заведения их надо обрывать со здорового тела да вон выбрасывать, чтобы не заражали других своим поведением, чтобы весь сад состоял из растений здоровых, доброцветных и доброплодных, чтобы ученики неодобрительного поведения и не безобразили собою всего заведения, и места напрасно не занимали, и не тянули напрасно сок заведения, даром бы не ели и не пили. Достойно и праведно есть. Если кто не хочет трудиться, тот и не ешь, говорит Апостол».