В 1904 году семидесятипятилетний старец тяжко заболел, и все ожидали его кончины. Но он оправился и прожил еще четыре года, которые оказались для кронштадтского пастыря годами истинного исповедничества, последнего его подвига в земной жизни. Как писал батюшке один архиепископ, «участь пророков и апостолов и прочих избранников Божиих есть и Ваша участь. Враги нашей веры злорадствуют, читая издевательства над Вашей личностью в издаваемых злодеями журналах, но радуются сему и последователи веры: они видят издевательские изображения Ваши не в смешном виде, но в венце исповедника...».
Отец Иоанн крестил долгожданного наследника престола царевича Алексея, и это вызывало язвительные насмешки. В революционные годы пастырь мужественно выступал с патриотическими проповедями и напоминал власти ее долг подавлять смуту, напоминая 13-ю главу Послания к Римлянам: «Начальник не напрасно носит меч: он Божий слуга, отмститель в наказание делающему зло». И из проповедей его русское начальство с удивлением узнавало, что употреблять меч обязывает сам апостол Павел. Это ли не повод к мерзким нападкам?
Масла в огонь подливала секта иоаниток, почитавших отца Иоанна за Спасителя, пришедшего вторично на землю. Он публично обличал их в соборе и предавал отлучению, не давал им Причастия. «Проходи, проходи, — говорил он, — ты обуяна безумием, я предал вас анафеме за богохульство». Но отделаться от них было не так-то легко. Они как безумные лезли к Чаше, так что городовым приходилось силой оттаскивать их. Мало того, при каждом удобном случае они кусали его, стараясь «причаститься» каплей его крови. Иоанитки доставляли батюшке много горя и неприятностей и давали обильную пищу к несправедливому осуждению его самого. Высокомерная и невежественная публика с осуждением распространяла мнение, что вокруг отца Иоанна не все благополучно, потому что он окружен какими-то кликушами, от него «попахивает изуверами и изуверками».
В чем только не обвиняли великого старца! Обвиняли в том, что он ездит к богатым, что ездит в карете, а то и в отдельном вагоне, что ходит в дорогих рясах и носит кресты, украшенные драгоценными камнями. Да, отец Иоанн нес свой подвиг не в пустыне и даже не в монастыре, а в самом водовороте мирских страстей и горя — подвиг несравненно более тяжкий и великий. Много среди его духовных чад и спасенных им было богатых людей, которые не знали, чем и отблагодарить батюшку... Один купец даже соткал на своей фабрике кусок особого бархата и сшил для отца Иоанна рясу.
Кронштадтский старец не отказывался принять искреннее приношение, чтобы не обидеть или не оттолкнуть благотворителя. Некоторые экзальтированные особы, особенно женщины, беспрерывно домогались встречи с ним и говорили: «Если ты меня прогонишь, я снова начну свою дурную жизнь и пропаду!» Батюшка, как самый любящий отец, дрожал над каждой вверенной ему душой...