Свои претензии к польскому правительству имелись и у реестровых казаков. После поражения крестьянско-казацких восстаний 1637-1638 гг., польские власти уменьшили реестр с 8 тыс. до 6 тыс. человек. Те казаки, которых вычеркнули из реестра, должны были вернуться в «холопское» состояние; вместо этого они сбежали к вольным казакам на Сечь. Те, кто остался в реестровом войске, потеряли право на самоуправление. Ликвидировалась должность казацкого гетмана, вместо него вводилась должность старосты, утверждавшаяся королем. Все старшинские должности замещались польскими офицерами-шляхтичами. Строго ограничивалась территория расселения казаков, а тех, кто без разрешения пытался уйти на Сечь, ловили и карали смертью. Богдан Хмельницкий возглавил Освободительную войну украинского народа 1648 -1654 г.г. 18 августа 1649 г. был подписан Зборовский мирный договор, заложивший правовые основы казацкой автономной державы – Гетманщины. По этому договору под управление казацкого гетмана переходили три воеводства – Киевское, Черниговское и Брацлавское. С этой территории выводились польские войска и изгонялись иезуиты (члены католического Общества Иисуса) и евреи. Реестр увеличивался до 40 тыс. казаков. Православному митрополиту было обещано место в польском Сенате. Всем участникам восстания гарантировалась амнистия. Тем не менее, когда в ноябре 1650 г. в Варшаву приехали казацкие послы и потребовали уничтожения унии во всех русских областях и запрещения панам производить насилия над крестьянами, требования эти вызвали бурю на сейме. Война шла с пременным успехом, пока Хмельницкого не предал крымский хан. Тогда, загнанный в угол, Богдан (Зиновий) Хмельницкий вынужден был обратиться к раде 8 января 1654 г. в городе Переяславле (ныне Полтавской губернии). После речи Хмельницкого, указывавшего на необходимость для Малороссии выбрать кого-нибудь из четырех государей: султана турецкого, хана крымского, короля польского или царя московского и отдаться в его подданство, народ закричал: "волим (т. е. желаем) под царя московского"! Король Ян Казимир завел сношения с Хмельницким, но последний не соглашался ни на какие переговоры, пока не будет признана со стороны Польши полная самостоятельность всех древнерусских областей.
Вертикаль власти против Магдебургского права
В 1775 году российскими войсками была разрушена Запорожская Сечь. Последнего кошевого атамана, 85-летнего Петра Калнышевского, заключили в тюрьму в одиночную келью Соловецкого монастыря, где он просидел до 1801 г., пока не был освобожден молодым императором-либералом Александром І. Уже глухой и слепой, соловецкий узник умер там же 1803 р.; похоронен на монастырском кладбище.