Участок метро, проходивший под рекою Шпрее, был поврежден в начале апреля, еще до начала битвы за город – во время бомбардировок. Его сразу же перекрыли и начал из него откачивать воду. Кроме того, уже во время боев за город, 27 апреля вода попала в метро после того, как немецкие саперы взорвали шлюзы канала Ландвер. Но и тогда еще воду из метро откачивали. Однако вскоре вышла из строя электрическая подстанция, обеспечивавшая электронасосы, и тоннели в результате были затоплены. Но затопление происходило постепенно, а не сразу.
Днем 30 апреля Гитлеру доложили, что русские находятся на площади Потсдамерплатц, в квартале от бункера. Вскоре после этого Гитлер с Евой Браун попрощались с соратниками и удалились в свою комнату, где и покончили с собой. Около 22 часов того же дня немцы запросили о прекращении огня и начале переговоров о сдаче.
Однако перемирия достигнуть не удалось, и 1 мая бои за город продолжились. В этот день рядом с зоопарком Тиргатен советские штурмовые отряды подверглись контратаке. Причем, немцы потом отступили в метро. Преследуя отступающих, советские бойцы и обнаружили тоннели, ведущие в сторону рейхсканцелярии. Разведчики углубились в них, но через пару часов им навстречу пошла вода.
Так, ранним утром 2 мая был подорван тоннель пригородных поездов, пересекавший Берлин с севера на юг. В него был сделан выход из бункера Имперской канцелярии, поэтому защитники здания подорвали тоннель, чтобы обезопасить себя от атаки. Поврежденный тоннель был затоплен, а позже вода попала через переход на одной из станций на другую линию. Тем временем, уже днем 2 мая 1945 года бои в Берлине прекратились.
В результате всех повреждений треть тоннелей берлинского метро к 8 мая оказалась затоплена. Слухи о множестве утонувших – 15-ти и даже 50 тысячах – появились сразу. Однако подтверждения они не нашли. Историк Энтони Бивор, автор книги «Падение Берлина», отмечает, что реальное число жертв из-за затопления метро вряд ли было велико:
«Более достоверными выглядят данные о том, что под водой погибло порядка ста человек. Конечно, в тоннелях находились многие тысячи людей, среди которых были раненые, дети, женщины и старики, но вода растекалась по подземным коммуникациям не слишком быстро. Более того, она растекалась в различных направлениях. Безусловно, картина наступающей воды вызывала в людях неподдельный ужас. И часть раненых, равно как и пьяных солдат, а также мирных жителей, стали ее жертвами. Но говорить о тысячах погибших было бы сильным преувеличением. В большинстве мест вода едва достигала полутораметровой глубины, и имелось достаточно времени, чтобы эвакуироваться самим и спасти многочисленных раненых, находившихся в «госпитальных вагонах» рядом со станцией «Штадтмитте». Вполне вероятно, что многие из погибших, чьи тела впоследствии поднимали на поверхность, на самом деле погибли не от воды».