Помещение магазина «Чай» было продано Дмитрием Корнеевым-младшим только 27 июня 2003 года – то есть спустя пять лет после убийства.
Конфликт между Евгением Львовичем Рыбиным и ЮКОСом уходит своими корнями в 1997 год. Тогда компания Михаила Ходорковского приобрела государственное нефтедобывающее предприятие «Томскнефть». Ранее действовавший договор между «Томскнефтью» и «Ист Петролеум Ханделс» о совместной разработке Западно-Полуденного и Крапивинского нефтяных месторождений был расторгнут ЮКОСом в одностороннем порядке. Руководство компании рассматривало этот контракт как «кабальный». Контрольно-ревизионное управление ЮКОСа выявило, что его условия были невыгодны: «Ист Петролеум Ханделс» продавала товары и услуги, в которых ЮКОС на тот момент не нуждался, по завышенным ценам. Об этом свидетельствовал на заседании Мосгорсуда по делу Алексея Пичугина 14 июня 2007 года бывший руководитель аналитического управления ЮКОСа Алексей Кондауров.
В 1998 году компания «Ист Петролеум Ханделс» обратилась в Арбитражный суд города Вены (Австрия) с исками против ЮКОСа о, якобы, нанесенном ей в результате расторжения договора ущербе. Именно эти иски российская Генпрокуратура впоследствии использовала во втором деле Алексея Пичугина и в деле Леонида Невзлина, назвав их мотивом для совершения двух покушений на жизнь Евгения Рыбина.
Первое нападение на Рыбина произошло 24 ноября 1998 года по адресу: улица Удальцова, дом 30 в Москве, – где в предпринимателя, по его словам, стрелял бывший волгоградский десантник Евгений Решетников. Второе случилось 5 марта 1999 года в Московской области. Машину бизнесмена с охраной и водителем, направлявшуюся к его дому (сам Рыбин в это время находился на праздновании дня рождения племянника), взорвали. В результате шофер погиб, а охранник Алексей Иванов получил тяжелые ранения.
Адвокат Алексея Пичугина Ксения Костромина (а впоследствии и адвокат Леонида Невзлина Дмитрий Харитонов) в ходе судебных прений указала на недоказанность факта заинтересованности руководства ЮКОСа в убийстве Евгения Рыбина. Венский арбитражный суд принял решение удовлетворить первый иск Рыбина только на 10 процентов, а в удовлетворении второго отказал и обязал истца возместить ответчику судебные издержки. Таким образом, по мнению защиты, мотива устранять Рыбина у ЮКОСа не было.
При этом решение арбитражного суда лишило Рыбина возможности получать сверхприбыли, как это было ранее из-за недобросовестных сделок «Томскнефти» (в бытность компании государственной) и «Ист Петролеум Ханделс».