В рамках второго дела Алексей Пичугин был признан виновным в организации убийств в 1998 году мэра Нефтеюганска Владимира Петухова и директора московской торговой фирмы «Феникс» Валентины Корнеевой, а также организации покушений в 1998 и 1999 годах на управляющего австрийской компании «Ист Петролеум Ханделс» Евгения Рыбина. По версии гособвинения, поддержанной судом, Алексей Пичугин действовал, руководствуясь поручением вице-президента ЮКОСа Леонида Невзлина.
Основания, позволяющие утверждать о неправосудности судебных решений и фальсификации доказательств обвинения
Первое дело: убийство(?) без трупов
В убийстве Ольги и Сергея Гориных, в организации которого виновным признали Алексея Пичугина, было очень много странного. Отсутствовали трупы убитых, не все было ясно и с результатами экспертиз, проведенных на месте преступления. Первое исследование, сделанное в Тамбове, установило, что кровь и мозговое вещество, найденные в доме, во дворе и в гараже супругов, принадлежат не Гориным. И только повторное изучение образцов, проведенное спустя значительное время в Москве, показало, будто группы крови совпадают. При этом пакет с, предположительно, мозговым веществом, был заменен, что запрещается.
Потерпевший Виктор Колесов, давая показания в суде, вообще выразил сомнения в том, что его хотели убить и что к этому имел отношение Алексей Пичугин. (5 октября 1998 года неизвестные избили Колесова до потери сознания и ограбили его на 2000 долларов.)
Не менее туманны и обстоятельства покушения на Ольгу Костину, организацию которого также вменили в вину Пичугину. Взрывное устройство было заложено у дверей квартиры ее родителей крайне непрофессионально: преступники не сочли нужным убедиться, на месте ли жертва. Никакого ущерба людям и квартире взрыв не причинил. По свидетельству соседа, выступившего на судебном процессе Леонида Невзлина, Ольга Костина бывала у своих родителей редко.
Примечательно, что до ареста Алексея Пичугина в 2003 году ни Костина, ни Генпрокуратура не усматривали связи между взрывом и ЮКОСом. Однако в 2003 году прокуратура неожиданно заявила, что руководство ЮКОСа решило таким образом отомстить бывшей коллеге за нежелание лоббировать интересы компании в мэрии. «Вспомнила» об этом и сама Костина.
Вскоре после дачи таких показаний карьера Ольги Костиной пошла в гору, она стала членом Общественной палаты, советником директора ФСБ на общественных началах и возглавила правозащитную организацию «Сопротивление». Впрочем, правозащитники Ольгу Костину своей коллегой не считают.