В ходе разбирательства второго уголовного дела судья Петр Штундер отметал доказательства, не вписывающиеся в обвинительную концепцию. В частности, не учтены показания осужденного Михаила Овсянникова, который заявлял, что следователи Генпрокуратуры заставили его лжесвидетельствовать против Алексея Пичугина, применяя психологическое и физическое давление. Овсянников болен гидронефрозом почек, и, согласно показаниям этого свидетеля в суде, оказание ему медицинской помощи ставилось в прямую зависимость от «нужных» признаний.
Суд проигнорировал показания свидетеля Алексея Кондаурова, возглавлявшего информационно-аналитическое управление ООО «ЮКОС-Москва». Кондауров заявлял, что Алексей Пичугин подчинялся начальнику службы безопасности ЮКОСа Михаилу Шестопалову и не мог получать указаний от Леонида Невзлина.
Судья Петр Штундер отказал в проведении почерковедческой экспертизы записки с адресом потерпевшего Евгения Рыбина, приписываемой обвинением Алексею Пичугину, которая способствовала бы установлению истины. По версии обвинения, Алексей Пичугин передал эту записку киллерам, Геннадию Цигельнику и Евгению Решетникову.
Главные «свидетели» обвинения, осужденные Цигельник и Решетников, давали показания о причастности Пичугина и Невзлина к преступлениям со слов третьих лиц – Горина и Горитовского. Проверить, действительно ли те говорили приписываемые им слова, невозможно (Горитовский убит, а Горин вместе с женой исчез).
21 апреля 2008 года на судебном процессе по делу Леонида Невзлина Геннадий Цигельник отказался от этих своих показаний. Выступая в качестве свидетеля, он заявил: «Я оговорил Пичугина и Невзлина по просьбе следователей Генеральной прокуратуры Буртового, Банникова, Жебрякова и оперативного работника Смирнова. Мне обещали защиту и минимальный срок, а дали максимальный».
Не конкретизированы место и время преступлений, в приговоре указано, что Алексей Пичугин вступил в преступный сговор «в неустановленном месте» и «в неустановленное время» с Леонидом Невзлиным «и другими неустановленными лицами из руководства ЮКОСа».
Не учтено, что у Алексея Пичугина отсутствовали мотивы для совершения преступлений. Утверждения гособвинения о том, что ЮКОСу были выгодны эти преступления, не подтверждаются материалами дела.
Политическая подоплека
С Алексеем Пичугиным, согласно его показаниям 23 апреля 2008 года на судебном процессе по делу Леонида Невзлина, не единожды беседовали сотрудники Генеральной прокуратуры и склоняли его к лжесвидетельству против некоторых руководителей и совладельцев компании ЮКОС, в частности, Леонида Невзлина.