Случалось, что изменения в проекте принимались МТК через голову комиссии, а ее об этом даже не уведомляли. И только когда Д.А. Голов, следуя спецификации, забраковал трубы экономайзеров, которые вместо 51 мм имели диаметр 70 мм, в ходе разбирательства выяснилось, что отступление от проекта завод допустил с разрешения МТК. Так было сделано по опыту императорской яхты "Штандарт" в связи с предложением завода Бельвиля. Увеличение диаметра труб обосновывалось необходимостью обеспечения более надежной заделки трубок в коробках экономайзеров.
И здесь "Цесаревичу" повезло. Привычка к легковесным подчас решениям, основанным лишь на экспертных оценках, но не на расчетах и проработках, привела МТК к одному из таких парадоксальных решений в судьбе тех же экономайзеров. Кому-то они показались слишком сложными и неудобными. И вот, как водится, в одночасье созрело решение об их ликвидации. Не посчитались даже с мнением командира того же "Штандарта" об отсутствии дыма и пламени из труб и несомненном сбережении топлива, достигаемом применением экономайзеров. По счастью, "Цесаревич" и "Бородино", имевшие уже слишком большую готовность по механизмам, из-под действия этого решения были выведены. Благодаря этому они в последующей службе отличались в сравнении с той же "Славой" более экономичным расходом топлива.
Не лучшим образом решилась и главнейшая для корабля проблема — выбор конструкции башенных установок. Посвященный этому журнал МТК по артиллерии № 115 от 21 декабря 1899 г. содержал обширный перечень (43 листа) частных замечаний, но был лишен главного — сопоставления с мировым уровнем и сравнения башен "Цесаревича" с башнями тогда же строившихся броненосцев "Ретвизан", "Князь Потемкин-Таврический" и "Бородино". Никаких следов комплексного подхода в журнале не видно.
Степень новизны и совершенства башен оставались не выявленными, конкретные показатели отсутствовали. Последовавшие частные усовершенствования не могли исправить главные недостатки башен — сильную затесненность подбашенного пространства (результат борьбы фирмы за уменьшение веса брони), крайнюю усложненность механизмов. Все это оборачивалось неудобствами обслуживания, снижением надежности и скорости стрельбы, в которой русский флот и так уже отставал от мирового уровня. Об этом В.А. Алексеев (1858–1915) дал исчерпывающее понятие в работе "Скорость стрельбы" (С.-Пб., 1903). Не удалось избежать и перегрузки по вине заказчика. Вместо вписанных в контракт 280 010 вес русских пушек со стайками составлял 296 718 кг.
Далекой от выявившейся лишь во время войны проблемы защиты башенной прислуги от отравления продуктами сгорания пороха были рекомендации МТК об обеспечении стрельбы при герметически закрытых амбразурах. О том, в какой атмосфере в условиях боя должна при этом находиться прислуга (особенно в тесных башнях 152-мм орудий) задуматься было некому. При редких в русском флоте стрельбах и весьма неторопливом ее темпе проблема просто не могла себя обнаружить.