Споры в историографии вызывает содержание статьи 87-й Основных законов. Некоторые исследователи, ссылаясь на эту статью, отвергают конституционный характер Российского государства в 1906—1917гг. Статья предоставляла императору право издавать, по представлению Совета министров, указы, имеющие силу закона. Но это право монарха было ограничено больше, чем у многих глав государств даже с республиканской формой правления. Указ мог быть издан только в перерыве работы Думы; он не мог вносить изменения в Основные законы, учреждения Госсовета и Думы, избирательное законодательство. Указ терял силу, если он не был внесен в Думу через два месяца после возобновления ее работы (так было с указом о военно-полевых судах от 20 августа 1906 г.) или если он отвергнут Думой или Госсоветом.
23 апреля 1906 г. Основные законы были утверждены и 26 апреля, в канун открытия сессии I Думы, опубликованы. Россия становилась конституционной или Думской монархией.
Существенные изменения произошли в системе высших органов исполнительной власти. 19 октября 1905 г. было создано объединенное коллегиальное правительство – Совет министров. Никакая общая мера управления не могла быть принята министрами «помимо Совета министров». Совет министров наделялся правом законодательной инициативы – разработки законопроектов и внесения их в Думу. Вводилась должность председателя Совета министров, который должен был руководить правительственной деятельностью и был подотчетен лично императору. Министры теряли право самостоятельной выработки ведомственных решений, «всеподданнейшие доклады» министров царю должны были предварительно согласовываться с председателем Совета министров.
В 1905 г. были образованы новые ведомства: Министерство торговли и промышленности и Главное управление землеустройства и земледелия (ГУЗиЗ) – на правах министерства.
ГУЗиЗ было создано вместо существовавшего с 1894 г. Министерства земледелия и госимуществ специально для проведения аграрной реформы. В ГУЗиЗ из МВД было передано Переселенческое управление, а неземледельческие госимущества передавались в Министерство торговли и промышленности. Новые министерства пополнили блок экономических ведомств (финансов, путей сообщения), значение которого возрастало.
В правовой системе Думской монархии Сенат фактически наделялся функциями конституционного надзора и должен был не допускать публикацию актов, нарушающих Основные законы империи.
Государственный аппарат России не претерпел особых изменений, он оставался самым малочисленным пропорционально численности населения передовых стран. К 1913 г. число госслужащих в России достигало 575—580 тыс. человек. В расчете на 1 тыс. человек это составляло 62 человека (в Англии – 73, в США – 113, в Германии и Австро-Венгрии – по 125, во Франции – 176). В госаппарате России в 1913 г. насчитывалось 252,8 тыс. человек, из них чинов всех ведомств – 53 тыс., остальные были служащими по найму. Самое крупное ведомство – МВД, насчитывало 83,8 тыс. чиновников. Такой сравнительно малочисленный госаппарат испытывал серьезные трудности в условиях подъема массового социального движения. При этом оплата большинства госслужащих была низкой, они не имели также права участвовать в политической деятельности. Чиновники, занимавшие штатные должности, лишались пассивного избирательного права при выборах в Думу, а военные и чины полиции – полностью теряли избирательные права.