Водный район в навигационном отношении может быть отнесен к «шхерным». Большинство подводных опасностей состоит из песка и известнякового щебня. Как и во всяком шхерном районе, плавание кораблей внутри водных пространств района возможно преимущественно по фарватерам, только Центральный и Кассарский плесы допускают маневрирование легких сил. Острова архипелага окружены отмелями, подводными камнями и рифами. Их побережье не имеет значительных по протяженности участков, удобных для высадки морских десантов.
По водному району проходят следующие главнейшие фарватеры:
1. Фарватер Суурвейн (Большой Зунд) – продольный сквозной фарватер с севера на юг, ведет внутренней частью водного района из Финского залива в Рижский. Избирая путь этим фарватером, корабль входит через пролив Харикурк и далее проходит сначала через центральную глубоководную часть района и затем проливом Виирикурк. Часть этого фарватера, проходящая через центральную глубоководную часть и через мелководный район, была углублена землечерпанием до 7,5 м. Этим каналом, первоначально углубленным до 7,9 м, во время Первой мировой войны пользовались линкоры «Слава» и «Гражданин» (осадка около 7,9 м) и крейсера «Баян», «Адмирал Макаров», «Аврора» и «Диана» (осадка около 6,5 м). До 1939 года постоянная глубина канала землечерпанием не поддерживалась.
Огражденным южным выходом из центральной части в пролив Виирекурк является 4,6-метровый фарватер между островом Муху и Кумарским рифом. Таким образом, к 1939 году проход через Суурвейн сквозным огражденным фарватером был доступен лишь для кораблей с осадкой в 4,6 м и меньше. Кроме указанного выше входа из Финского залива на центральный плес водного района, возможен вход на него через 4,3-метровый фарватер Воосикурк.
Возможность сквозного прохода из Финского залива в Рижский существовала через несколько фарватеров. С севера до центральной части водного района или проливом Харикурк (через Вормский рейд) с глубинами 9—10 м, или 4,3-метровым фарватером Воосикурк. Через центральную глубоководную часть водного района (глубины 7,6–8,2 м) – без всякого ограждения или после его нового обследования и обвехтования по 7,5-метровому углубленному каналу. Через мелководную южную часть в районе Кумарского рифа (Кумарурифф), или по огражденному 4,6-метровому фарватеру. В случае обвехтования – по 7,5-метровому углубленному, так называемому Кумарскому каналу. По проливу Виирекурк (глубины 11–14 м). После обвехтования 7,5-метрового фарватера сквозной проход из Финского залива в Рижский делался доступным для крейсеров, легких крейсеров, малых броненосцев, а после доведения глубины – до той, которая была в Первую мировую войну. Подводные лодки могли проходить этим путем лишь в надводном положении.