Он уважал эту область знаний и радовал Гарнака своими успехами в ней, но в отличие от Гарнака, не считал, что этим богословие и исчерпывается. По его мнению, работать лишь с текстами как таковыми, не продвигаясь дальше, значило оставаться «при обломках и мусоре». За текстами стоит Бог, Он – их автор, Он говорит с человечеством через посредство этих текстов, а Бонхёффер искал именно Бога.
Диссертацию он писал по догматике, исследуя веру Церкви. Догматика ближе к философии, и Бонхёффер в глубине души уже тогда был философом, а не текстологом. Обижать старого учителя и соседа, который все еще пытался сманить его к себе, молодой человек не хотел, но ему пришлось выяснять отношения с еще одним выдающимся лектором. Рейнгольд Зееберг занимался как раз догматикой и ожидал, что писать свою работу Бонхёффер будет у него. Возникали осложнения: во-первых, Зееберг составлял конкуренцию Гарнаку, и два известных ученых яростно сражались за одного и того же многообещающего ученика. Во-вторых, Зееберг был едва ли не более закоренелым противником богословия Барта, чем Гарнак.
В написанном для семинара Зееберга сочинении Бонхёффер отстаивал идею Барта: чтобы хоть что-то узнать о Боге, мы полагаемся на откровение от Бога. Иными словами, Бог говорит с этим миром, но человек не может выйти за пределы мира, чтобы напрямую познакомиться с Богом. Это улица с односторонним движением – что вполне соответствует лютеранскому представлению о благодати: человек не может заработать себе рай и взойти на небо, но Бог может склониться к нему и милосердно поднять человека к себе.
Зееберг оспорил это мнение, эссе Бонхёффера не на шутку встревожило его: птенец из гнезда Бартова проник в его опрятный курятник. Профессор решил, что сумеет вбить здравый смысл в горячую юную голову, воззвав к более высокому авторитету, и в то лето, встретив Карла Бонхёффера на конференции берлинских ученых разных специальностей, он имел с ним серьезный приватный разговор и просил достойного психиатра повлиять на сына. Интеллектуально точка зрения Зееберга была старшему Бонхёфферу ближе, чем взгляды сына, однако он слишком уважал и ум, и интеллектуальную честность Дитриха, чтобы давить на него.
В августе Дитрих отправился в поход вдоль балтийского побережья. Из дома собрата-«Ежа» под Бременом он писал отцу, спрашивая, о чем говорил с ним Зееберг и как ему следует поступить. Отец не мог дать однозначного ответа. Позднее свою лепту внесла мать, предложив Дитриху продолжить занятия в семинаре Холла, главного специалиста по Лютеру, а диссертацию писать по догматике, но в обход Зееберга. Будучи дочерью известного богослова и внучкой богослова со всемирной славой, Паула Бонхёффер лучше любой другой матери в Германии могла дать совет в такой ситуации. Интерес обоих родителей к учебе сына и их интеллект вполне объясняют нерушимую близость между старшим и младшим поколением этой семьи. Для Дитриха мать и отец были неиссякаемым источником любви и мудрости – всю его жизнь, до самого конца.